交互式体积体素查看
项目描述
体积查看器 Jupyter Notebook 扩展
将艾伦研究所基于网页的3d查看器嵌入到Jupyter笔记本中
描述
大多数3D查看器都过于庞大，不适合用于实验性大小的（分析、检查、...）3D体积数据集的快速可视化任务。nbvv是Jupyter中用于交互式数据探索的多通道体积查看器。这是一个Jupyter小部件，它提供了给定多个通道zstack作为NumPy数组的体积渲染。
预期用户群体是任何希望以稳健且快捷的方式作为其工作流程的一部分交互式查询体积数据的人；激发开发动机的领域是多通道体积光/荧光显微镜数据集。查看器针对xy分辨率的体积数据进行了优化，该分辨率高于z分辨率。
安装
从源安装：您需要确保您的系统已安装nodejs和npm。一种方法是使用nvm，例如
nvm install 14.17.0
nvm use 14.17.0
确保您已安装jupyterlab、jupyter notebook和nbextensions（不是每个环境中都必须安装）
pip install jupyter_contrib_nbextensions && jupyter contrib nbextension install --user
以以下方式之一安装nbvv
- 选项1：从PyPi安装
pip install nbvv jupyter nbextension install --py nbvv --sys-prefix jupyter nbextension enable nbvv --py --sys-prefix - 选项2：从这个存储库运行
build.sh - 选项3：逐步从源安装
pip install -e . jupyter nbextension install --py --overwrite --symlink --sys-prefix nbvv jupyter nbextension enable --py --sys-prefix nbvv jupyter labextension develop . --overwrite
文档
扩展文档尚未提供。完成后，它将在：allen-cell-animated.github.io/nbvv提供。
快速入门
尝试演示笔记本
jupyter notebook examples/demo.ipynb
或以jupyterlab的方式类似
jupyter lab examples/demo.ipynb
在 Jupyter 笔记本中，将数据加载或创建为 numpy 数组形式的体数据。对于多通道数据，数据应为形状为 (Z,Y,X) 或 (C,Z,Y,X)。使用
import nbvv
nbvv.volshow(mynumpydata, spacing=(1.0, 1.0, 4.0), channel_names=my_list_of_channel_name_strings)
volshow 显示 numpy 数据，还可以提供可选的 viewer_height 参数，如果您想使查看器在笔记本中更大。默认值为 500，值应指定为 CSS 像素。
开发
有关代码开发的详细信息，请参阅 CONTRIBUTING.md。
下载文件
下载适用于您平台的应用程序。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于 安装包 的信息。
源分发
nbvv-1.6.2.tar.gz (47.8 MB 查看散列值)
构建分发
nbvv-1.6.2-py2.py3-none-any.whl (8.5 kB 查看散列值)
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nbvv-1.6.2.tar.gz 的散列值
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 37feedf86578f63203dc971850a613da8fce3cf1a4159133701868c0560bce35 |
|
| MD5 | f90714d14dba4bbc573de99ccf2eea0f |
|
| BLAKE2b-256 | d85371d91c03324aa76a999a065f4bd8270493115ded025808c2b6b83b83962e |
关闭
nbvv-1.6.2-py2.py3-none-any.whl 的散列值
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | bc20c3d64ef6746a843b0dc6f670e8b872762852a2b9f896a81a6af9e3f80c1a |
|
| MD5 | 58778687521d7f6ca9365e0103e2cdc4 |
|
| BLAKE2b-256 | dfff5d829cd7dfdb8a0178ff0e6ddf7b11ed3aff88e15fda0da979394a1b79df |