nbib

PubMed及其他NCBI工具导出的nbib引用格式解析器。

关于

nbib对它解析的数据及其结构有明确的意见，旨在支持最常见的用例。与其他生成“扁平”数据（即字符串键值对）的解析器不同，nbib

• 尽可能将字符串解析为其正确的数据类型
• 在适当的情况下创建分层和列表对象

安装

从PyPi安装最新生产版本

pip install nbib

要安装最新开发版本

pip install git+https://github.com/holub008/nbib.git

使用

示例

import nbib
refs = nbib.read("""PMID- 1337\nTI  - `nbib` Rocks!\n\n""")

通用

nbib提供

• 解析nbib文件（read_file()）和字符串（read()）的功能
• 保证输出格式在主要版本中将保持向后兼容性
  • 在主要版本中，属性的类型永远不会改变
  • 在主要版本中，属性永远不会更改名称
  • 可以在次要版本中添加新属性
• 保证输出引用的顺序与输入顺序匹配。此外，这适用于所有列表属性（例如作者）

nbib不提供

• 允许用户自定义解析方法
  • nbib认为执行“显然”的解析可以覆盖99%的用例，因此不要将这项工作推给客户端
• 与格式不正确的文件友好地交互 - 对于意外输入会积极抛出异常
  • 由于PubMed实际上是这些文件的唯一生产者，因此风险最小
  • 请报告遇到的任何问题！
• 具有出色的运行时性能
  • 截至编写时，一个包含829K行（PubMed最大导出大小）的10,000个引用文件在标准笔记本电脑上耗时9.2秒。相比之下，生成扁平字符串数据的ris解析包rispy，对于10K个引用（670K行）耗时2.2秒。
  • 如果您的用例需要更快的性能，请提交问题！

开发

问题和拉取请求总是受欢迎。

测试

设置项目

pipenv install --dev

运行测试

pipenv run python -m pytest