napari-aicsimageio

napari的AICSImageIO绑定

特性

• 支持读取以下格式的元数据和成像数据：
  • OME-TIFF
  • TIFF
  • CZI (Zeiss)
  • LIF (Leica)
  • ND2 (Nikon)
  • DV (DeltaVision)
  • aicsimageio支持的任何格式
  • bioformats支持的任何格式
    • SLD (Slidebook)
    • SVS (Aperio)
    • 完整列表
  • imageio支持的任何附加格式
    • PNG
    • JPG
    • GIF
    • AVI
    • 完整列表

虽然上游的 aicsimageio 采用 BSD-3 许可证发布，但此插件采用 GPLv3 许可证发布，因为它安装了所有格式读取依赖项。

安装

稳定版本： pip install napari-aicsimageio 或 conda install napari-aicsimageio -c conda-forge
开发头： pip install git+https://github.com/AllenCellModeling/napari-aicsimageio.git

读取模式阈值

如果提供的图像满足以下两个条件之一，此图像读取插件将直接将其加载到内存中：

1. 文件大小小于 4GB。
2. 文件大小小于机器可用内存的 30%。

如果这些条件中的任何一个不满足，则仅在需要时按块加载图像。

将 napari-aicsimageio 用作所有文件格式的读取器

如果您想强制 napari 总是使用此插件作为所有文件格式的读取器，请尝试运行以下代码片段

from napari.settings import get_settings

get_settings().plugins.extension2reader = {'*': 'napari-aicsimageio', **get_settings().plugins.extension2reader}

有关更多详细信息，请参阅 #37.

功能示例

通用图像读取

将读取 aicsimageio 支持的所有图像文件格式，并在 napari 查看器中提供所有原始数据。

此外，当读取 OME-TIFF 时，您可以通过 ome-types 在 napari 查看器中直接查看所有 OME 元数据。

多场景选择

在读取多场景文件时，将在 napari 查看器中添加一个小部件来管理场景选择（每次更改场景时清除查看器，或将场景内容添加到查看器），以及文件中所有场景的列表。

访问 AICSImage 对象和元数据

您可以使用内置的 napari 控制台访问用于加载图像像素数据和图像元数据的 AICSImage 对象

img = viewer.layers[0].metadata["aicsimage"]
img.dims.order  # TCZYX
img.channel_names  # ["Bright", "Struct", "Nuc", "Memb"]
img.get_image_dask_data("ZYX")  # dask.array.Array

napari 图层元数据字典还存储了原始图像元数据的缩写

viewer.layers[0].metadata["raw_image_metadata"]

元数据以底层文件格式读取器使用的格式返回，即对于 CZI，原始元数据以 xml.etree.ElementTree.Element 返回，对于 OME-TIFF，原始元数据以 OME 对象从 ome-types 返回。

最后，如果底层文件格式读取器具有 OME 元数据转换函数，您还可能在 napari 图层元数据字典中看到一个名为 "ome_types" 的键。例如，由于 AICSImageIO 的 CZIReader 和 BioformatsReader 都支持将原始图像元数据转换为 OME 元数据，因此您将看到一个存储将元数据转换为 OME 元数据模型的 "ome_types" 键。

viewer.layers[0].metadata["ome_types"]  # OME object from ome-types

马赛克读取

在读取 CZI 或 LIF 图像时，如果图像是马赛克瓦片图像，则 napari-aicsimageio 将返回重建的图像

开发

有关开发代码的相关信息，请参阅 CONTRIBUTING.md.

对于其他文件格式支持，直接贡献给 AICSImageIO。新文件格式支持将直接在新的 aicsimageio 版本中可用于此插件。

引用

如果您发现 aicsimageio （或 napari-aicsimageio） 有用，请按照以下方式引用：

AICSImageIO 贡献者（2021）。AICSImageIO：纯 Python 中的显微镜图像的图像读取、元数据转换和图像写入 [计算机软件]。GitHub。 https://github.com/AllenCellModeling/aicsimageio

免费软件：GPLv3