mzml2isa-qt 0.3.4

# mzml2isa-qt #####mzml2isa解析器的PyQt界面。

## 概述 此程序是[mzml2isa](https://github.com/ISA-tools/mzml2isa)解析器的图形用户界面。它提供了一个易于使用的界面，用于将mzML文件转换为ISA-Tab研究。它是用Python3和PyQt5制作的。

## 安装

### 使用PIP 如果系统上存在(cite>pip（通常与Python安装/版本一起提供），则可以使用它来安装程序及其依赖项： `bash pip3 install mzml2isa-qt `

### 不使用PIP 依赖项安装后，将mzml2isa-qt存储库克隆到具有写入权限的文件夹中： `bash git clone git://github.com/ISA-tools/mzml2isa-qt `

之后，可以直接运行GUI： `bash python3 run.py `

或者通过运行带有mzmlisa-qt命令的本地安装来运行： `bash cd mzml2isa-qt && python3 setup.py install `

## 使用 使用mzml2isa-qt命令打开GUI。要将.mzML文件简单地解析为ISA，请选择包含文件的目录。默认设置下，程序将在该文件夹中创建新的ISA文件，假设文件夹名称是研究标识符（例如，MetaboLights研究的_MTBSLxxx_）。这可以通过取消选中“导出结果到每个研究目录”复选框来更改。设置好参数后，单击“转换”按钮以启动解析器。

## MetaboLights 生成上传到 MetaboLights 的研究需要一些解析器无法仅从 mzML 文件中猜测的信息。为了向您的最终 ISA-Tab 文件提供更多元数据，请使用 添加元数据 按钮，打开新窗口并更新关于您研究的相关细节。即使所有必需的字段都已填写，生成的 ISA 在解析结束后仍需增强（例如使用 [Metabolight 预包装的 ISA Creator](http://www.ebi.ac.uk/metabolights/）以添加缺失的字段。

目前 MetaboLights 上传所需的缺失信息包括：* 研究因素（样本相关，必须添加到 _study_ 文件和 _investigation_ 文件）* 代谢物分配文件 * 研究设计

## TODO * 要么在主窗口中添加 代谢物分配文件 字段，要么更改 mzml2isa 解析器的行为，以便成功检测代谢物分配文件并将它们添加到研究文件。

## 许可证 GPLv3