mzML文件解析器并将其转换为ISA-Tab
项目描述
从mzML和imzML文件中提取元数据，并将它们写入ISA-Tab文档。
概述
mzml2isa 是一个 Python3 程序，可以从原始的 XML 代谢组学数据文件（mzML 开放访问数据格式）自动生成 ISA-Tab 文档结构元数据文件。mzml2isa 工具提供了 ISA-Tab 代谢组学研究的基本框架，然后可以使用 ISA 编辑工具（如 ISAcreator）进行编辑（参见MetaboLights 预打包的 ISA Creator）
- 功能:
从 mzML 文件中提取元信息，并将其存储为 Python 字典或将其序列化为 JSON 格式的文档。
创建一个填充了相关元信息的 ISA-Tab 文件结构。
通过 JSON 格式的字典或 XLS 文件向 ISA-Tab 文件添加无法从 mzML 文件中解析的额外元数据。
安装
使用方法
命令行界面（CLI）
mzml2isa -i /path/to/mzml_files/ -o /path/to/out_folder/ -s name_of_studyPython 模块
Metabolights
要下载一些来自 MetaboLights 研究的实际数据来测试转换器，请在存储库内部运行以下命令：
python scripts/metabolights-dl.py <size>其中 size 是您可以分配用于下载文件的 GiB 的最大大小。该脚本将文件下载到 example_files/metabolight 文件夹，然后在这些文件上运行 mzml2isa。
如果您使用的是带有 curlftpfs 和 bash 的 *NIX 机器，您还可以运行以下命令来挂载数据库到示例目录并开始转换 mzML 研究：
scripts/metabolights.sh工作流程
下载文件
下载适用于您的平台的文件。如果您不确定要选择哪一个，请了解有关安装包的更多信息。
源分布
mzml2isa-1.1.1.zip (544.4 kB 查看散列)
构建分布
mzml2isa-1.1.1-py2.py3-none-any.whl (538.4 kB 查看散列)