MVD-tool

信息

MVD3和Sonata神经科学文件格式的简单C++解析器和工具

• 提供将MVD2转换为MVD3的工具
• 提供将MVD导出为CSV的工具
• 提供MVD2的简单头文件解析器
• 提供基于HighFive库的MVD3和Sonata解析器

它还提供了解析MVD3和Sonata文件的高级Python API。

编译

前提条件

• CMake >= 3.0
• GCC >= 4.9
• BOOST >= 1.41
• HighFive
• libSONATA

编译和安装C++解析器

mkdir build; pushd build
cmake ../ -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=<install_dir>
make
make install

编译和安装Python API

python setup.py install

使用Python API的示例

读取Sonata文件

import mvdtool
node = mvdtool.open("tests/nodes.h5")
# retrieve data for the full range
node.morphologies()
# retrieve data for a certain range
node.morphologies([0, 1, 3])

读取MVD3文件

import mvdtool
mvd = mvdtool.open("tests/circuit.mvd3")
mvd.morphologies()

MVD文件中的一些属性需要来自me combo文件的信息。在这种情况下，必须确保me combo文件包含来自MVD文件的所有组合。

mvd_tsv = mvdtool.open("tests/circuit_tsv.mvd3")
mvd_tsv.open_combo_tsv("tests/mecombo_emodel.tsv")
mvd_tsv.emodels()

资金和致谢

本软件的开发得到了瑞士联邦理工学院（EPFL）蓝脑项目研究中心的资金支持，该中心由瑞士政府资助的ETH委员会资助。

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许可

LGPLv2.1+