创建跨多个样本和工具的聚合生物信息学分析报告
项目描述
将许多样本的生物信息学结果汇总到一个报告中
请访问文档和示例报告，网址为http://multiqc.info
MultiQC是一个工具，可以创建一个包含多个样本的生物信息学分析的交互式图表的单个报告。
报告通过扫描给定目录中的已识别日志文件来生成。这些文件被解析，并生成一个HTML报告，总结所有找到的日志的统计数据。MultiQC报告可以描述多个分析步骤和大量样本，以及多个分析工具，非常适合常规快速质量控制。
MultiQC 支持大量的生物信息学工具。请访问 MultiQC 网站，查看完整列表。MultiQC 还可以轻松解析自定义脚本的数据，如果格式正确/配置正确的话——这被称为自定义内容。
正在持续编写更多模块。请将任何想法作为新的问题提出（请包括示例日志文件）。
安装
您可以使用以下命令从 PyPI 使用 pip 安装 MultiQC
pip install multiqc
或者，您可以使用来自 Conda 的 Bioconda 安装它（首先设置您的频道）
conda install multiqc
如果您想从 GitHub 安装开发版本，可以使用 pip 安装
pip install --upgrade --force-reinstall git+https://github.com/MultiQC/MultiQC.git
MultiQC 还可以通过 Docker 和 Singularity 镜像、Galaxy 包装器以及许多其他软件分发系统获得。有关详细信息，请参阅文档。
使用方法
安装完成后，您可以通过进入您的分析目录（或父目录）并运行工具来使用 MultiQC
multiqc .
就这么多！MultiQC 将扫描指定的目录（. 是当前目录）并生成一份详细的报告。
默认情况下，报告在 multiqc_report.html 中创建。在 multiqc_data/ 中还创建了制表符分隔的数据文件，包含额外信息。这些文件可以很容易地使用 Excel 检查（使用 --data-format 获取 yaml 或 json）。
有关更多详细信息，请运行 multiqc -h 或参阅文档。
引用
如果您在使用 MultiQC 进行分析时，请考虑引用它。
MultiQC：在单个报告中汇总多个工具和样本的分析结果。
Philip Ewels, Måns Magnusson, Sverker Lundin 和 Max Käller
生物信息学（2016）
doi: 10.1093/bioinformatics/btw354
PMID: 27312411
@article{doi:10.1093/bioinformatics/btw354,
author = {Ewels, Philip and Magnusson, Måns and Lundin, Sverker and Käller, Max},
title = {MultiQC: summarize analysis results for multiple tools and samples in a single report},
journal = {Bioinformatics},
volume = {32},
number = {19},
pages = {3047},
year = {2016},
doi = {10.1093/bioinformatics/btw354},
URL = { + http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw354},
eprint = {/oup/backfile/Content_public/Journal/bioinformatics/32/19/10.1093_bioinformatics_btw354/3/btw354.pdf}
}
贡献 & 支持
欢迎贡献和新功能的建议，以及错误报告！请为任何这些问题创建一个新的问题，包括示例报告（如果可能的话）。非常欢迎提交修复和新增功能的 pull-requests。请参阅贡献说明以获取有关如何处理流程的更多信息。
MultiQC 拥有广泛的文档，描述了如何编写新的模块、插件和模板。
如有疑问，请随时直接联系作者：@ewels (phil.ewels@seqera.io)
贡献者
MultiQC 由 Phil Ewels (@ewels) 在 Seqera Labs 开发和维护。它最初是在国家基因组学基础设施编写的，该基础设施是瑞典SciLifeLab的一部分。
非常感谢所有代码贡献者——你们很多人！有关详细信息，请参阅贡献者图。
MultiQC 在 GPL v3 或更高版本许可证下发布。
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