mtbparser 0.2.7

关于此模块

此Python模块旨在提供一个简单的解析器，用于解析不同的诊断变体信息数据。

如何使用SnvParser类

按照上述格式解析SNV文件相对简单。只需使用路径创建一个SnvParser对象，并通过提供正确的标题（SSnvHeader, GSnvHeader, ...）来指定其类型。

from mtbparser.snv_parser import SnvParser
from mtbparser.snv_utils import SSnvHeader

# Path to a valid SNV tsv file, as specified in
# the file format documentation.
somatic_snv_file = "/path/to/mySSnv.tsv"

# Create parser object for somatic SNVs
parser = SnvParser(somatic_snv_file, SSnvHeader)

# Iterate through parsed SNV items and get the gene name
for snv_item in parser.getSNVs():
    print(snv_item.get_snv_info(SSnvHeader.GENE.name))

详细文档

更详细的文档可以在Github上找到。