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将msp转换为数据库的Python包

项目描述

Version Py versions Git Build Status (Travis) Build Status (AppVeyor) License RTD doc codecov

Python包,用于将一组MSP质谱仪光谱文件转换为SQLite数据库。目前可以处理格式为MassBank记录MoNA记录的MSP文件。

生成的SQLite数据库可用于与msPurity Bioconductor R包进行光谱匹配,请参阅教程

安装

$ pip install .

命令行

$ msp2db --msp_pth [msp file or directory of msp files] --source [name of source of msp e.g. massbank] --out_pth [out dir]
$ msp2db --help

usage: PROG [-h] -m MSP_PTH -s SOURCE [-o OUT_PTH] [-t TYPE] [-d] [-l MSLEVEL]
        [-c CHUNK] [-x SCHEMA]

Convert msp to SQLite or MySQL database

optional arguments:
    -h, --help            show this help message and exit
    -m MSP_PTH, --msp_pth MSP_PTH
                            path to the MSP file (or directory of msp files)
    -s SOURCE, --source SOURCE
                            Name of data source (e.g. MassBank, LipidBlast)
    -o OUT_PTH, --out_pth OUT_PTH
                            file path for SQLite database
    -t TYPE, --db_type TYPE
                            database type [mysql, sqlite]
    -d, --delete_tables   delete tables
    -l MSLEVEL, --mslevel MSLEVEL
                            ms level of fragmentation if not detailed in msp file
    -c CHUNK, --chunk CHUNK
                            Chunks of spectra to parse data (useful to control
                            memory usage)
    -x SCHEMA, --schema SCHEMA
                            Type of schema used (by default is "mona" msp style
                            but can use "massbank" style)

--------------

API

db_pth = 'spectral_library_07112018v1.db'
create_db(file_pth=db_pth, db_type='sqlite', db_name='spectra')
libdata = LibraryData(msp_pth='MoNA-export-FAHFA.msp',
                  db_pth=db_pth,
                  db_type='sqlite',
                  d_form=None,
                  schema='mona',
                  source='fahfa',
                  mslevel=None,
                  chunk=200)

开发者 & 贡献者

Tom Lawson: t.n.lawson@bham.ac.uk

许可证

在GNU通用公共许可证v3.0下发布(见LICENSE文件

项目详情


下载文件

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源分布

msp2db-0.0.9.tar.gz (30.5 kB 查看哈希值)

上传时间

构建分布

msp2db-0.0.9-py3-none-any.whl (31.1 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 3

由以下支持