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用于评估脑部结构(T1w,T2w)和功能性MRI的自动质量控制和可视化报告。

项目描述

DOI Zenodo Package Pythons DevStatus License Documentation CircleCI

MRIQC从结构(T1w和T2w)和功能MRI(磁共振成像)数据中提取无参考图像质量指标(IQMs)。

MRIQC是一个开源项目,遵循以下软件开发原则

  1. 模块化和可集成性:MRIQC实现了一个nipype工作流程,以集成依赖第三方软件工具箱(如ANTs和AFNI)的模块化子工作流程。

  2. 最小预处理:MRIQC工作流程应该尽可能最小,以便在原始数据或其最小预处理衍生物上估计IQMs。

  3. 互操作性和标准:MRIQC遵循脑成像数据结构(BIDS),并采用BIDS-App标准。

  4. 可靠性和鲁棒性:该软件通过使用来自OpenfMRI的图像测试其对抗数据变异性的鲁棒性(采集参数、生理差异等),并使用CircleCI永久检查和维持其可靠性。

引用

支持和通信

此项目的文档可在以下位置找到:https://mriqc.readthedocs.io/

用户可以使用mriqc-users google group获取帮助。

可以在此处提交此软件的所有错误、问题和增强请求:https://github.com/nipreps/mriqc/issues

开发

可以从此存储库的根目录运行此命令来构建基于最新MRIQC Docker构建的本地开发构建

docker build -f Dockerfile_devel -t mriqc_devel .

要测试更改,需要将本地源代码挂载到开发容器中

docker run --rm -v .:/src/mriqc mriqc_devel

可以在pyproject.toml中的dependencies下添加新的Python依赖项。每次更改或添加依赖项时,都需要使用上述docker build命令重新构建Docker镜像。

许可证信息

MRIQC遵守NiPreps框架通用许可指南

MRIQC最初源于,因此受到PCP质量评估协议的严重影响。请查看NOTICE文件以获取更多信息。

许可证

版权(c)2021,NiPreps开发者。

截至 21.0.x 预发布和发布系列,MRIQC 采用 Apache 许可证 2.0 版(以下简称“许可证”);除非适用法律要求或经书面同意,否则不得使用此文件,除非遵守许可证。您可以在 https://apache.ac.cn/licenses/LICENSE-2.0 获取许可证副本。

除非适用法律要求或经书面同意,否则在许可证下分发的软件按“原样”基础分发,不提供任何形式的保证或条件,无论是明示的还是隐含的。有关许可证的权限和限制的具体语言,请参阅许可证。

致谢

本作品由 NiPreps 社区 指导和维护。本资源的开发得到了 Laura 和 John Arnold 基金会(RAP 和 KJG)、NIBIB(R01EB020740、SSG;1P41EB019936-01A1SSG、YOH)、NIMH(RF1MH121867、RAP、OE;R24MH114705 和 R24MH117179、RAP;1RF1MH121885 SSG)、NINDS(U01NS103780、RAP)和 NSF(CRCNS 1912266、YOH)的支持。OE 感谢 SNSF Ambizione 项目“利用 MRI 揭示大脑连接结构、功能和动态的相互作用”(资助编号 PZ00P2_185872)的财政支持。

项目详情


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源代码分发

mriqc-24.0.2.tar.gz (45.8 MB 查看哈希值)

上传时间 源代码

构建分发

mriqc-24.0.2-py3-none-any.whl (24.3 MB 查看哈希值)

上传时间 Python 3

由以下支持