最宽松布尔网络的简单实现
项目描述
mpbn Python模块提供最宽松布尔网络中可达性和吸引子分析（最小陷阱空间）的简单实现（doi:10.1038/s41467-020-18112-5）。mpbn Python模块还提供了一个最宽松的模拟器，该模拟器提供轨迹采样并计算吸引子倾向（有关更多详细信息，请参阅论文Variable-Depth Simulation of Most Permissive Boolean Networks）。
它是基于colomoto-jupyter的minibn模块构建的，该模块允许导入多种格式的布尔网络。请参阅http://colomoto.org/notebook。
安装
CoLoMoTo Notebook环境
mpbn 包含在CoLoMoTo docker中。
使用pip
pip install mpbn
使用conda
conda install -c colomoto -c potassco mpbn
使用方法
命令行
- 固定点和吸引子的枚举
mpbn -h
- 模拟
mpbn-sim -h
Python接口
文档可在https://mpbn.readthedocs.io找到。
示例笔记本
- https://nbviewer.org/github/bnediction/mpbn/tree/master/examples/
- http://doi.org/10.5281/zenodo.3719097
用于模拟
下载文件
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源分发
mpbn-3.8.tar.gz (16.2 kB 查看哈希值)
构建分发
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mpbn-3.8.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 0ec869578bf210756f1dda42427780c9ad1133ec33efad8971124fc4f72136ea |
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| MD5 | b628decbfc2a2f68beabec1cca96e02d |
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| BLAKE2b-256 | 62163796afbdedd99a5c8a7f47bbbeacd6d9f0aa8c403e9e85274ce3724d6e2c |
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mpbn-3.8-py3-none-any.whl的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | f2c7d697f6733def5972344c9238299f1aba94ad195a98a73e665f52dfef0cec |
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| MD5 | 6ec00132a961fda2fd9e392f626278b1 |
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| BLAKE2b-256 | 4d77a06e97d34eaf014c32c08b34d32ca63d2e59dab0dc1010c81aea96d8a85c |