movshon-lab-to-nwb

NWB转换脚本和教程。与Movshon 实验室合作。

• Blackrock通过SpikeInterface处理
• Blackrock转换为NWB
• OpenEphys通过SpikeInterface处理
• OpenEphys转换为NWB
• SpikeGLX通过SpikeInterface处理
• SpikeGLX转换为NWB
• Expo转换为NWB

安装

要克隆仓库并设置conda环境，执行以下操作

$ git clone https://github.com/catalystneuro/movshon-lab-to-nwb
$ conda env create -f movshon-lab-to-nwb/make_env.yml
$ source activate env_movshon

或者，要在现有环境中直接安装

$ pip install movshon-lab-to-nwb

spikesorting

每个实验的SpikeInterface示例可以在教程中找到。

有关可用spike sorters的列表以及如何安装它们的说明，请参阅SpikeInterface文档。

NWB转换

激活正确环境后，可以使用不同形式使用转换功能

1. 从Python脚本导入并运行
每个实验的详细和简单示例可以在教程中找到。

2. 图形用户界面
要使用GUI，首先安装nwb-web-gui

$ pip install nwb-web-gui

可以从终端运行GUI

$ nwbgui-movshon [experiment_name]

当前实验名称的选项有：blackrock、openephys和spikeglx。NWB Web GUI应在您的浏览器中打开。如果它没有自动打开（并且您的终端中没有打印错误信息），只需打开浏览器并导航到localhost:5000。

该GUI简化了编辑生成的nwb文件元数据的工作，它与转换模块（一键转换）集成，并允许通过nwb-jupyter-widgets快速可视化探索最终文件中的数据。

4. 指南
您还可以在指南中找到转换步骤的Jupyter笔记本。