多组学单细胞最优传输工具
项目描述
moscot - 多组学单细胞最优传输工具
moscot 是一个用于单细胞基因组学中最优传输（OT）应用的可扩展框架。它可以用于
轨迹推断（结合空间和谱系信息）
将细胞映射到其空间组织
对齐空间转录组学幻灯片
转换模态
在单细胞基因组学中构建新的OT模型的原型
moscot 由 OTT 驱动，这是一个基于JAX的最优传输工具包，它支持即时编译、GPU加速、自动微分和线性内存复杂度。
安装
您可以通过以下方式安装 moscot
pip install moscot
要以前编辑模式安装 moscot，请运行
git clone https://github.com/theislab/moscot cd moscot pip install -e .
有关如何安装 jax 的进一步说明，请参阅 https://github.com/google/jax。
资源
请查看我们的 文档
参考
我们的预印本“通过 moscot 在时间和空间中映射细胞”可以在 这里找到。
下载文件
下载适用于您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于 安装包 的信息。
源代码发行版
moscot-0.3.5.tar.gz (121.9 kB 查看哈希值)
构建发行版
moscot-0.3.5-py3-none-any.whl (145.3 kB 查看哈希值)
关闭
moscot-0.3.5.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 9bac5205211f1cde3fa3ac7782e61de448b3704690b8b9fdd734644cf98a1cac |
|
| MD5 | 0f9cc64875a838e19cf35d17c1359354 |
|
| BLAKE2b-256 | 81af92ba47d187a7ec97c04ebc37324c7e423681d8bf92c227e3639dfb02e527 |
关闭
moscot-0.3.5-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | ad0249b1ee8543027f116632515c09ac71667303f1a0fcebc8073451eabf246c |
|
| MD5 | 54767ba1311783e8f9b72964f49809d4 |
|
| BLAKE2b-256 | b719004ebc27b354d215c81404b7a6a9c0c303b777dc27cc1cad1b7ef1b8ea31 |
