morphio

神经元形态IO库

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MorphIO文档构建和托管在readthedocs。

简介

MorphIO是一个用于读取和写入神经元形态文件的库。它支持以下格式

SWC
ASC (又称 Neurolucida)
H5 v1
H5 v2 已不再支持，请参阅 H5v2

它提供了3个C++类，这是每次形态分析的开始点

Soma：包含与细胞体相关的信息。
章节：章节是两个分支之间的点的连续序列。最基本的情况下，章节对象将包含章节类型、每个点的位置和直径。
形态学：形态学对象包含加载细胞的通用信息，同时也提供了访问不同章节的方法。

一个重要的概念是，MorphIO被分为一个只读部分和一个读写部分。

H5v2

从版本2.6.0开始，文件格式h5v2不再受支持。如果您有这种格式的形态学，可以使用以下方法将它们转换为h5v1：

pip install "morphio<2.6" "morph-tool==2.3.0"

然后

# single file, OUTPUT must end with `.h5`
morph-tool convert file INPUTFILE OUTPUT
# bulk conversion
morph-tool convert folder -ext h5 INPUTDIR OUTPUTDIR

贡献

如果您想改进项目或看到任何问题，每个贡献都受欢迎。请查看贡献指南以获取更多信息。

致谢

本软件的开发得到了瑞士联邦理工学院洛桑联邦理工学院（EPFL）的Blue Brain项目的资金支持。

这项研究得到了EBRAINS研究基础设施的支持，该基础设施由欧盟“地平线2020”研究和创新框架计划资助，具体协议编号为945539（人类脑计划SGA3）。

许可

MorphIO根据Apache License 2.0许可。有关详细信息，请参阅LICENSE.txt。

版权（c）2013-2024 Blue Brain项目/EPFL

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morphio-3.3.9.tar.gz 的哈希
算法	哈希摘要
SHA256	`20b16ff7f9939a78c7e591d99450998ee57462914ca3101b8c2235a4e755b11e`
MD5	`7d3c9d23ebc6050bb4a89700bc417d2f`
BLAKE2b-256	`5b3e4de94ecc39fe7a5a88d9093592d89edc9a1a298cfc876bb7c8d4b465cdcb`

morphio-3.3.9-cp312-cp312-win_amd64.whl 的哈希

morphio-3.3.9-cp312-cp312-win_amd64.whl 的哈希
算法	哈希摘要
SHA256	`4679627b058c1747f07488442941375604e229ca8f220e9e16269c08719cc04c`
MD5	`20f14a9e9991b5283a6adaee1881d725`
BLAKE2b-256	`fc98b24e88c5f9834fe7969e2c7a9fc95a4bdeeea12199b6208429f681b05ab1`

morphio-3.3.9-cp312-cp312-manylinux_2_27_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl 的哈希

morphio-3.3.9-cp312-cp312-manylinux_2_27_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl 的哈希
算法	哈希摘要
SHA256	`8d2ed9bdaa329950a6275494062991ea4d8824d2bf98beb4907f8b41483ce180`
MD5	`b500baa5dc445ace42a802dd0bf6906e`
BLAKE2b-256	`637d610eaa3c35560d5b1aa85b1061388d2819bca264b1dd18d10f1684dcf3ba`

morphio-3.3.9-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希

morphio-3.3.9-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希
算法	哈希摘要
SHA256	`df5d2d0500cd410e968fd50023d2dedda38273b7422f4f277b66613a99010408`
MD5	`f5bd2c541c084fb80a88cbcc9dbea25e`
BLAKE2b-256	`6a2329d489af40fe3adc90fb5d828a4806071e46b2d466ef9619122ee1ca72fe`

morphio-3.3.9-cp312-cp312-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希

morphio-3.3.9-cp312-cp312-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希
算法	哈希摘要
SHA256	`cbebef31ec7fb0981db42084514f199c5ee7e6e10a532df625d593d110db958a`
MD5	`b22a320ff51c1672f96182cee7debadd`
BLAKE2b-256	`78a86f7d02b91deb75ca190ad077dad27b996fe33e31affc839c32105351c755`

morphio-3.3.9-cp312-cp312-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希

morphio-3.3.9-cp312-cp312-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希
算法	哈希摘要
SHA256	`090645c94a951543c4130c3c0f637290ac1deee7585d2d757c42c38bf678312e`
MD5	`6d5ca946b4ad502fcffc0139e771ac3f`
BLAKE2b-256	`5e8785a686ddf0192a96375f7ffecfddef060f1b48daf8cfa37eb9a4c2e34b27`

morphio-3.3.9-cp311-cp311-win_amd64.whl 的哈希

morphio-3.3.9-cp311-cp311-win_amd64.whl 的哈希
算法	哈希摘要
SHA256	`62e30b31375f198c15f815b6774f55ca188982a9ff6ed88f15fe37a439c5033e`
MD5	`def73512674cbba17bcb902e85e6210f`
BLAKE2b-256	`fd47db3c69de4ce308e0dbf5e5373df3f8cca241c4562a5c882a4647a7488d03`

morphio-3.3.9-cp311-cp311-manylinux_2_27_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl 的哈希

morphio-3.3.9-cp311-cp311-manylinux_2_27_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`03a87ec9ec7e4b14e28ac2c4ba4146b6b2c3128ef8994e0bc3f29913d9e968ca`
MD5	`e9f54852b9a5ad7ee129d0cc505752c0`
BLAKE2b-256	`569e0859996b741f1596e86d7a42ab379b7af73274da1edb361754adf32b1e94`

哈希值 for morphio-3.3.9-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

morphio-3.3.9-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`4bc53e83f7f017e6872bf101cb397ce93b7bd21c7029f6234ec8a1ba9fb96aa6`
MD5	`90b029b88ec68e8f8363f2a0ce7c2fa0`
BLAKE2b-256	`7f55864f298919f316c90ca3369a920c3c7171a9e5cbdd7ce76f397b663fa5cf`

哈希值 for morphio-3.3.9-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl

morphio-3.3.9-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`384200598300fd6c38d8010cd19ca213411bcaf581126395c36d9826ab084a49`
MD5	`f43476e70a83ade6163075f5d3e58c5c`
BLAKE2b-256	`53ea56740f609537a5ea8e53c83bf604402390857cf65c4491db17d3031662ad`

哈希值 for morphio-3.3.9-cp311-cp311-macosx_10_9_x86_64.whl

morphio-3.3.9-cp311-cp311-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`677eb5e012ed67b3e479168aa4d07e9d8b8fcf1227eb4bd067d470c20d1d597b`
MD5	`7217636ef805c7179a788bf98346fe1d`
BLAKE2b-256	`94aba5cd810c5206b0ef936b00117221153546a22228e495c6c990f096e58927`

哈希值 for morphio-3.3.9-cp310-cp310-win_amd64.whl

morphio-3.3.9-cp310-cp310-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`536471079d989518e4f3c3296cd534d7e1ac49d18e0239b4e47dc900229130d2`
MD5	`fc8591b7d5692782a2059872a4aa34cc`
BLAKE2b-256	`c5c23171acd20f74e6671372586ac017bc973e0e8c21c9a6b34d396f031b8235`

哈希值 for morphio-3.3.9-cp310-cp310-manylinux_2_27_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl

morphio-3.3.9-cp310-cp310-manylinux_2_27_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`a410ad439d7d12d1fab58be01dd397a58bc1d99d5f860fdb852fb5d91fe069f7`
MD5	`5e5187cc5499ec28687c5492abf67233`
BLAKE2b-256	`cfb95ad70a3bd71372cf1e7cf2978738554e53002d1c3f182b6203e45c817274`

哈希值 for morphio-3.3.9-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

morphio-3.3.9-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`c3ce4adfbe78e2174be33f7fd5d1031d2922530c79069e0507ad179670c5fe24`
MD5	`96c0773140c2e2f10832339a4fc57448`
BLAKE2b-256	`c8174c7926ddbfd7f3be2d52eed7c787c6cc7196f244c2ac47edd7a49dd4753b`

哈希值 for morphio-3.3.9-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl

morphio-3.3.9-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`42918da28bd140874a066c96c5b4658403ebead23a44a2b528df1ef79f06381d`
MD5	`eb9398edec0f4ba7f1b885ca6f26acce`
BLAKE2b-256	`2b590404cc82cd05e4f81f9c0764db9c34a10f8c43f055d4813ca0ce16edaa2b`

哈希值 for morphio-3.3.9-cp310-cp310-macosx_10_9_x86_64.whl

morphio-3.3.9-cp310-cp310-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`f5abbf8989c92343e9361685cd5f928b58e301d0c13eab84d86635c9c1eaa3eb`
MD5	`c9b98768886ec8e76ee1742bb3b82803`
BLAKE2b-256	`17fe928acddb0f67487bcb0d95c6c0e6ea1f733a11ee57ba43fd9ec02f182a0e`

哈希值 for morphio-3.3.9-cp39-cp39-win_amd64.whl

morphio-3.3.9-cp39-cp39-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`dd60d9e0a33203af70f92d967636594ba7203e0ca3c9ac3028932248edf6c206`
MD5	`1cd4b344574e9d0896dde6eb73144682`
BLAKE2b-256	`91ea3ad47faea2929444d7ae7cce4c6aef81181c7c997fd892c790221b21a0bd`

哈希值 for morphio-3.3.9-cp39-cp39-manylinux_2_27_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl

morphio-3.3.9-cp39-cp39-manylinux_2_27_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`9b4ed5abd279899c436f18caf53d2860cd4c84f703ef7fcea4801394e35d0996`
MD5	`31d67ca1b88545913602bfb4f3040037`
BLAKE2b-256	`83ebe149fc12b0b2378e9f59e55b59932d216779736eb74129b782228a4daa50`

哈希值 for morphio-3.3.9-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

morphio-3.3.9-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`412e132dab123794ffd5d0f6d8fc26919487c590a37d26c5e37d613b66059db4`
MD5	`927afa8fc2f52d3a02cecd85f407d774`
BLAKE2b-256	`974efe923aca770a80d7076f5ff8325f480d7afd3b55eed0f94c0943acd6090e`

哈希值 for morphio-3.3.9-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl

morphio-3.3.9-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`dcb036071edc7574fe44972f5a9f3c63de4a6c2ec22d743f1d3f5e6a17581596`
MD5	`85072ee863cd36408bb3fb8afda5c671`
BLAKE2b-256	`e11933402b098dcc28197d8a9da9f402387cebd55bb0c7dcf476198d0d802b7c`

散列值用于 morphio-3.3.9-cp39-cp39-macosx_10_9_x86_64.whl

散列值用于 morphio-3.3.9-cp39-cp39-macosx_10_9_x86_64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`3271495d659946031e058b3524f951eca4ace0a66868b184be83226d11c54181`
MD5	`d5f4c6b93f9466de5cc2c34363799e0b`
BLAKE2b-256	`ad2a8442c7afa5da9b19d5f7b922ad6aae7eaed103823836e88f9c4bfb3fe835`

散列值用于 morphio-3.3.9-cp38-cp38-win_amd64.whl

散列值用于 morphio-3.3.9-cp38-cp38-win_amd64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`dd2c198f68ac1ce02cf7c638a2a6b04e02818cf30ced1c6451f98d355073d123`
MD5	`481911de7ca254d6325806385878efc5`
BLAKE2b-256	`dab314a34c024560afb36eee5b0a14c2cec81d45804fc0b6c122defb235e3ff1`

散列值用于 morphio-3.3.9-cp38-cp38-manylinux_2_27_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl

散列值用于 morphio-3.3.9-cp38-cp38-manylinux_2_27_x86_64.manylinux_2_28_x86_64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`3d913c272562dbc9cbe945255ec2084c5cee248c0fe415e874e0d669d3f891e9`
MD5	`e338f71a157387f5c57b9a34c649a866`
BLAKE2b-256	`471481366d7f699fa201bb43484806de6f19912f3ca4c2ac2789fba1ec24d6f9`

散列值用于 morphio-3.3.9-cp38-cp38-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

散列值用于 morphio-3.3.9-cp38-cp38-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`4f8a0d3f4034533ce4b063b4de2f47f3da42c0f386e93e919c77996778624255`
MD5	`546f0d38b68e23fd09a0838b991ab38e`
BLAKE2b-256	`307435d0aa383207c8ea6b5ec7bbebe1a3d0df76e7fce1990b1ad1b279a3b3b4`

散列值用于 morphio-3.3.9-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl

散列值用于 morphio-3.3.9-cp38-cp38-macosx_11_0_arm64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`1273c0a39caf41743ffa43582ed5ca7c8ef16ed666de906ed3c5520faa28188d`
MD5	`0d86b128e2dbf906f078feec612ec112`
BLAKE2b-256	`c2656225a9a76cc5b18278fb9dfe89aca3e6458f5979016024f77985406130f4`

散列值用于 morphio-3.3.9-cp38-cp38-macosx_10_9_x86_64.whl

散列值用于 morphio-3.3.9-cp38-cp38-macosx_10_9_x86_64.whl
算法	哈希摘要
SHA256	`f5800c75aab327718165e61cf3b92a978f46178d6f585556e80e73c463249ad8`
MD5	`4666cf257ad0b5c1f4eadb66683bfbee`
BLAKE2b-256	`7ac72651bb433d40b5cb7bf8f2bf0ec6561c3e722cec68b9f9de244e77727b63`

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