moderna 1.7.5

# ModeRNA - 用于比较RNA建模的程序

版权所有 © 2009 by Magdalena Rother, Kristian Rother, Tomasz Puton and Janusz M. Bujnicki

版本 1.7.1

主页：iimcb.genesilico.pl/moderna

技术支持：rother.magdalena@gmail.com

## 构建状态 [](https://travis-ci.org/lenarother/moderna)

## 安装说明

### 1. 快速指南

python setup.py install

### 2. 要求

ModeRNA可以在任何现代的Windows或Linux PC上运行。它需要Biopython库。

### 3. Linux上的安装

要在Linux上安装ModeRNA，您需要

• 下载源代码分布[Moderna版本1.7.1（源代码）]。

• 解压缩存档。创建了一个包含主程序moderna.py的目录。

• 确保已安装Python 2.6或更高版本。（在Ubuntu Linux上，使用sudo apt-get install python。）

• 确保已安装Numpy（sudo apt-get install python-numpy）。

• 确保已安装BioPython（sudo apt-get install python-biopython）。<br>（已测试与BioPython 1.53-1.58版本兼容）

• 确保moderna/moderna.py文件是可执行的：<br> chmod a+x moderna/moderna.py

• 将moderna目录的路径添加到您的PYTHONPATH变量中，例如：<br> export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/home/lena/moderna/

• 运行：<br> python setup.py install

• 之后，您可以从任何位置编写

  python >>> from moderna.moderna import *

### 4. 在Windows上安装ModeRNA

要在Windows上安装ModeRNA，您需要

• 下载源代码分布[Moderna版本1.7.1（源代码）]。

• 解压缩存档。创建了一个包含主程序moderna.py的目录。

• 确保安装以下库：（所有库均来自iimcb.genesilico.pl/moderna） * Python 2.6或更高版本 * Numpy * BioPython（已测试与BioPython 1.53 - 1.58版本兼容）

• 在终端运行

  C:/Python26/python.exe setup.py install

• 之后，您可以在Python外壳中编写

  >>> from moderna.moderna import *
  

### 5. 法律免责声明

ModeRNA在GPL许可证下发布，副本包含在发行版中（有关详情请参阅LICENSE_GPL.TXT）。对于PDB/目录中的文件，同样适用Biopython许可证。有关详情请参阅PDB/LICENSE_BIOPYTHON.TXT。

本软件提供“原样”。不对任何类型的保证做出明示或暗示，包括但不限于，关于适销性和针对特定应用的适用性的保证。在任何情况下，作者不对任何直接、间接、偶然、特殊、示范性或后果性损害（包括但不限于，使用本软件导致的损失、数据或利润，或业务中断）承担责任，无论这种损害是由于何种原因造成的，以及基于何种责任理论，无论是在合同、严格责任或侵权（包括疏忽或其他）中产生的。

作者不对本程序或其组件造成的损害承担责任。

### 6. 贡献者

• Magdalena Rother - 实现

• Pawel Piatkowski - 实现

• Kristian Rother - 架构和单元测试

• Tomasz Puton - 模型验证和测试

• Janusz Bujnicki - 理念和指导

### 7. 致谢

感谢我们实验室的同事Pawel Skiba、Piotr Byzia、Irina Tuszynska、Joanna Kasprzak、Jurek Orlowski、Pawel Lukasz、Tomasz Osinski、Marcin Domagalski、Anna Czerwoniec、Stanislaw Dunin-Horkavic、Marcin Skorupski和Marcin Feder在开发过程中提供的评论和建设性批评。

Moderna使用的PDB解析器得到了Thomas Hamelryck的热心支持。单元测试框架是由Sandra Smit、Rob Knight和Gavin Huttley带给我们的。我们还要感谢Neocles Leontis、Fabrice Jossinet、Francois Major和Eric Westhof，他们在各种场合提供了有用的建议。

特别感谢Russ Altman小组，他们为我们提供了他们的建模示例以测试ModeRNA。

### 8. 参考文献

ModeRNA的组件基于以下科学文献

[1] Czerwoniec A, Dunin-Horkawicz S, Purta E, Kaminska KH, Kasprzak JM, Bujnicki JM, Grosjean H, Rother K. MODOMICS：RNA修饰途径数据库。2008年更新。Nucleic Acids Res。2008年10月14日。

[2] Yang H, Jossinet F, Leontis N, Chen L, Westbrook J, Berman H, Westhof E. 用于自动识别和分类RNA碱基对的工具。Nucleic Acids Res。2003年7月1日；31(13)：3450-60。

[3] Gendron P, Lemieux S, Major F. 核酸三维结构的定量分析。J Mol Biol。2001年5月18日；308(5)：919-36。

[4] Michalsky E, Goede A, Preissner R. 蛋白质中的环（LIP）-一个综合的环数据库用于同源建模。Protein Eng。2003年12月；16(12)：979-85。

[5] Cock PJ, Antao T, Chang JT, Chapman BA, Cox CJ, Dalke A, Friedberg I, Hamelryck T, Kauff F, Wilczynski B, de Hoon MJ. Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费Python工具。Bioinformatics。2009年6月1日；25(11)：1422-3。Epub 2009年3月20日。