来自海德堡MEG实验室的MNE-Python的Pipeline-GUI
项目描述
mne-pipeline-hd
来自海德堡MEG实验室的MNE-Python的Pipeline-GUI
安装
- 按照网站上的说明安装MNE-python
- 要安装您在步骤1中创建的conda环境中，您可以
- 使用
pip install mne_pipeline_hd安装稳定版本 - 使用
pip install git+https://github.com/marsipu/mne_pipeline_hd.git@main安装开发版本
- 使用
更新
运行pip install --upgrade --no-deps --force-reinstall git+https://github.com/marsipu/mne_pipeline_hd.git@main以更新到开发版本或运行pip install --upgrade mne-pipeline-hd以获取最新稳定版本。
启动
在您安装了mne-python和mne-pipeline-hd的conda环境中运行mne_pipeline_hd。
或
从终端或PyCharm、VSCode、Atom等IDE中运行__main__.py
在使用管道及其功能时，请注意管道仍在开发中！提供的基本功能仅作为建议，您应在使用前验证它们是否满足您的需求。它们也部分仍在调整以满足特定要求，这些要求可能不适用于所有数据。
错误报告/功能请求
请在GitHub上以问题或直接向我（dev@mgschulz.de）报告错误。如果您对如何改进流水线或某些功能请求有想法，也欢迎您打开问题或发送电子邮件（dev@mgschulz.de）
贡献并构建您自己的函数/修复错误
如果您想通过贡献来帮忙，我会非常高兴
- 在GitHub上分叉此存储库
- 移动到您想要克隆到的文件夹
- 使用git从终端克隆您分叉的存储库：
git clone <从GitHub上您分叉的存储库的绿色克隆按钮中获取的URL> - 将上游添加到git以更新：
git remote add upstream git://github.com/marsipu/mne-pipeline-hd.git - 使用pip安装开发版本：
pip install -e .[tests] - 使用以下命令安装预提交钩子：
pre-commit install - 为更改创建分支：
git checkout -b <分支名> - 提交更改：
git commit -am "<您的提交信息>" - 将更改推送到您在GitHub上的分叉存储库：
git push - 从您的新功能分支创建“新拉取请求”
如果您对贡献过程或程序结构有任何问题，可以随时给我发邮件。
致谢
此流水线建立在MNE-Python之上
A. Gramfort，M. Luessi，E. Larson，D. Engemann，D. Strohmeier，C. Brodbeck，L. Parkkonen，M. Hämäläinen，MNE软件用于处理MEG和EEG数据，NeuroImage，2014年2月1日第86卷，第446-460页，ISSN 1053-8119，DOI
它最初受到了Lau M. Andersen的一个流水线的启发
Andersen LM. MNE-Python中触觉刺激范式的诱发反应的组分析：从个体传感器空间表示到跨组源空间表示的每一步处理的可重复性流水线。Front Neurosci. 2018年1月22日；12:6。doi: 10.3389/fnins.2018.00006。PMID: 29403349；PMCID: PMC5786561。
此程序还集成了autoreject
Mainak Jas，Denis Engemann，Yousra Bekhti，Federico Raimondo和Alexandre Gramfort。2017。“Autoreject：MEG和EEG数据的自动伪迹拒绝”。NeuroImage，159，417-429。
浅色和深色主题的颜色调色板受到了PyQtDarkTheme的启发。
GUI编程的许多想法和基础知识来自LearnPyQt和许多Stack Overflow问题/解决方案。
开发得到了海德堡大学的财务支持。
感谢我的实验室成员（特别是我的导师Andre Rupp）在开发初期阶段的反馈和测试。
下载文件
下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解有关 安装软件包 的更多信息。