miqc-py

miQC (论文) 的Python实现。

安装

pip install miqc_py

用法

用法遵循scverse API约定。参数名称遵循R实现中的miQC。

import miqc_py

# ...

miqc_py.calculate_miqc(adata)
miqc_py.filter_cells(adata)

绘图

可选地，我们可以使用altair来绘制结果（不是miqc_py的依赖项 - 可能需要先安装）。

import altair as alt

alt.Chart(adata.obs).mark_circle().encode(
    x="total_genes_by_counts:Q",
    y="pct_counts_mito:Q",
    color="prob_compromised:Q"
)

开发

conda env create -f environment.yml
conda activate miqc-py

jupyter lab