工作流描述语言（WDL）本地运行器和开发工具包

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  • 许可协议： MIT许可协议 (MIT)
  • 作者： CZI
  • 需求： Python >=3.8
  • 提供额外功能： dev
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项目描述

miniwdl

工作流描述语言 本地运行器和Python 3.8+ 开发工具包

Project Status MIT license CI Coverage Status Docs Status

安装miniwdl

安装需要Python 3.8+、pip3（或conda）和Docker（或Podman/Singularity/udocker）。Linux首选；macOS (Intel) 兼容，但需额外步骤。更多详情请参阅完整文档。

  • 使用pip安装 PyPI版本：运行pip3 install miniwdl
  • 使用conda安装 Anaconda-Server徽章：运行conda install -c conda-forge miniwdl
  • 验证miniwdl安装：miniwdl run_self_test
  • 从源代码安装：查看Dockerfile以获取运行setup.py的依赖项

使用 miniwdl

使用 miniwdl 运行一个生物信息学 WDL 流程示例，或通过短期课程（屏幕录制示例）了解更多关于 miniwdl 的信息。如果您是 WDL 语言的新手，请参阅开源的 learn-wdl 课程。

文档

在线文档包括用户教程、参考手册和 Python 开发代码实验室：Docs Status

查看发行版以获取更改日志。项目板显示了当前问题的优先级。

扩展

miniwdl 运行程序在本地主机可用的 CPU 和内存上并行调度 WDL 任务；因此，更强大的主机可以支持更大的工作负载。单独维护的项目可以通过共享文件系统将任务分发到云和 HPC 后端。

寻求帮助

贡献

欢迎对 miniwdl 提供反馈和贡献，通过此存储库中的问题和拉取请求。有关指南和设置开发环境的说明，请参阅 CONTRIBUTING.md。

安全

请通过联系 security@chanzuckerberg.com 负责任地披露安全问题。

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源代码分发

miniwdl-1.12.1.tar.gz (463.4 kB 查看哈希值)

上传时间 源代码

构建分发

miniwdl-1.12.1-py3-none-any.whl (194.7 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 3

由