MicroHapulator

Daniel Standage, 2018-2019
https://github.com/bioforensics/microhapulator

MicroHapulator 是一个用于分析和解释用于法医分析的微单倍型序列数据的软件包。它提供了用于基因分型以及简单和复杂样本的确定性解释和概率解释的工具。它还提供了构建模拟基因型和模拟单贡献者或多贡献者样本的MPS测序的工具。MicroHapulator依赖于来自 MicroHapDB 的微单倍型标记定义和群体等位基因频率以及包含在 InSilicoSeq 中的MPS错误模型。

安装

建议使用bioconda进行安装。

conda install -c bioconda microhapulator

注意：如果您愿意使用pip进行安装，请参阅 .travis.yml 和 setup.py 以获取提示。

交互式演示

点击下面的徽章以启动MicroHapulator的快速交互式演示。

使用方法

usage: mhpl8r [-h] [-v] [-l F] [--tee] subcmd ...

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Invoke `mhpl8r <subcmd> --help` and replace `<subcmd>` with one of the
subcommands listed below to see instructions for that operation.

Subcommands:
  subcmd             contain, contrib, diff, dist, mix, prob, seq, sim, type,
                     unite

Global arguments:
  -h, --help         show this help message and exit
  -v, --version      show program's version number and exit
  -l F, --logfile F  log file for diagnostic messages, warnings, and errors
  --tee              write diagnostic output to logfile AND terminal (stderr)

贡献

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