微单倍型标记和等位基因频率数据的便携式数据库
项目描述
MicroHapDB
NBFAC, 2018-2023 https://github.com/bioforensics/microhapdb
MicroHapDB 是人类微单倍型变异的全面目录。数据库整合了来自众多已发表研究文章的标记和群体频率数据。为26个全球群体计算了等位基因频率估计和等位基因多样性统计（$A_e$），以便可以对标记进行排序和评估以适应各种应用。
MicroHapDB旨在为研究人员、技术开发人员和法医从业者提供用户友好的界面，支持从浏览和简单的文本查询到复杂查询和通过Python API的完整编程访问的各种访问方法。它被设计为一个需要最小基础设施即可使用和维护的社区资源：MicroHapDB的整个内容都随数据库的每个副本分发为纯文本。
安装
有关完整安装说明，请参阅此页面。如果您不是第一次操作，以下命令提供了快速参考。
conda install -c bioconda microhapdb pytest
pytest --pyargs microhapdb --doctest-modules
使用方法
MicroHapDB提供了几种访问本地安装的数据库内容的方法。《MicroHapDB文档》包括一个“入门”指南以及运行MicroHapDB的命令行综合参考。
特别勇敢和好奇的用户甚至可能会大胆地直接从 GitHub 下载核心数据库表。
MicroHapDB 包含 标记排名统计，面板设计工具，以及向数据库的私有本地副本添加标记的说明 。
引用
如果您使用此数据库，请引用我们的工作。
Standage DS, Mitchell RN (2020) MicroHapDB: A Portable and Extensible Database of All Published Microhaplotype Marker and Frequency Data. Frontiers in Genetics 11:781, doi:10.3389/fgene.2020.00781.
MicroHapDB 由国家生物法医分析中心（NBFAC）的生物信息学小组创建并维护。
更多参考资料可在 此页面 获取。
microhapdb-0.11.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | aa7bbba30b5694fedc751d603b96d59c8094eea1ff1d46e0f1989d149a4ced3f |
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| MD5 | 6e16a21340d920437c8b2d8b99fa3cfb |
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| BLAKE2b-256 | a725187c32ed3989a8c9d1634336ddfc27c3c671a3ace77eb07572f70d3e80d7 |