分子动力学数据的持久化引擎
项目描述
随着计算能力的提升，现在可以生成数百个分子动力学模拟轨迹，这些轨迹在长度、系统大小、组成、起始条件和其他参数上差异很大。以允许使用数据回答科学问题的复杂度管理本身已经成为瓶颈。MDSynthesis是解决这个问题的答案。
基于datreant构建，MDSynthesis为使用MDAnalysis的分子动力学轨迹提供了一个Pythonic接口，这使得轻松地处理分散在整个文件系统中的多个模拟的数据成为可能。它使得编写能够跨多种模拟工作的分析代码成为可能，更重要的是，MDSynthesis允许轻松地与数百个模拟的结果进行交互。
高效存储单个模拟的中间数据，以便轻松回忆
MDSynthesis的Sim对象通过MDAnalysis提供了对原始模拟数据的接口。然后可以从原始轨迹中生成数据结构（pandas对象、numpy数组或任何纯Python结构），并将其存储以供以后轻松检索。在底层，如果可能，数据集以高效的HDF5格式存储。
底层由datreant提供支持
MDSynthesis是在通用库datreant之上构建的。Sim是一个具有处理分子动力学数据特殊功能的Treant，但datreant的每个功能都适用于MDSynthesis。
文档
用户指南简要介绍可在Read the Docs上找到。
贡献
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下载文件
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源分布
mdsynthesis-0.6.1.tar.gz (14.0 kB 查看散列值)
构建分布
mdsynthesis-0.6.1-py2-none-any.whl (17.8 kB 查看散列值)