MDAnalysis · PyPI · Python 包索引

一个用于分析分子动力学轨迹的面向对象工具包。

这些详情尚未由PyPI验证

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元数据

许可协议： GNU通用公共许可证第3版或更高版本（GPLv3+）（========================================================================== 组件的许可协议...）
作者： MDAnalysis 开发团队
维护者： MDAnalysis 核心开发者
标签 python, 科学, 化学, 生物物理, 分子动力学, 计算化学, 分子模拟, 分析, 轨迹分析
要求： Python >=3.9

项目描述

MDAnalysis 是一个用于分析分子尺度多体系统计算机模拟的 Python 库，涵盖了从药物与蛋白质相互作用到新型材料的各种用例。它在科学界被广泛使用，并由科学家为科学家编写。

它支持多种流行的模拟软件包，包括 Gromacs、Amber、NAMD、CHARMM、DL_Poly、HooMD、LAMMPS 等 — 请参阅支持的轨迹格式和拓扑格式列表。MDAnalysis 还包括在 MDAnalysis.analysis 模块中的广泛使用的分析算法。

本项目受行为准则的约束。

如果您在项目中使用了 MDAnalysis，请考虑通过显示 MDAnalysis 徽章来让您的用户和世界知道！嵌入代码可用于不同的标记。

示例分析脚本

import MDAnalysis as mda

# Load simulation results with a single line
u = mda.Universe('topol.tpr','traj.trr')

# Select atoms
ag = u.select_atoms('name OH')

# Atom data made available as Numpy arrays
ag.positions
ag.velocities
ag.forces

# Iterate through trajectories
for ts in u.trajectory:
    print(ag.center_of_mass())

文档

新用户 应阅读快速入门指南，并可能想看看我们的视频，其中核心开发者解释了 MDAnalysis 的各个方面。

所有用户 应阅读用户指南。

开发者 还可能想参考 MDAnalysis API 文档。

越来越多的教程可用，解释了如何进行 RMSD 计算、结构对齐、距离和接触分析等。

安装和可用性

最新版本可以通过安装快速入门中描述的 pip 或 conda 安装。

源代码 存储在 https://github.com/MDAnalysis/mdanalysis 的 git 仓库中，并按 GNU 通用公共许可证，版本 3 或任何后续版本打包。单个源代码组件根据 GPLv3+ 兼容的许可证提供，包括 LGPLv2.1+ 和 GPLv2+。请参阅 LICENSE 文件以获取更多信息。

贡献

请通过问题跟踪器报告错误或提出增强请求。您也可以在GitHub 讨论区提问。

如果您是一位希望开始为MDAnalysis做贡献的新开发者，请通过GitHub 讨论区联系。要设置开发环境和运行测试套件，请阅读开发者指南。

引用

在发表的工作中使用MDAnalysis时，请引用以下两篇论文：

R. J. Gowers, M. Linke, J. Barnoud, T. J. E. Reddy, M. N. Melo, S. L. Seyler, D. L. Dotson, J. Domanski, S. Buchoux, I. M. Kenney, 和 O. Beckstein. MDAnalysis: A Python package for the rapid analysis of molecular dynamics simulations. In S. Benthall and S. Rostrup, editors, Proceedings of the 15th Python in Science Conference, pages 102-109, Austin, TX, 2016. SciPy. doi:10.25080/Majora-629e541a-00e
N. Michaud-Agrawal, E. J. Denning, T. B. Woolf, 和 O. Beckstein. MDAnalysis: A Toolkit for the Analysis of Molecular Dynamics Simulations. J. Comput. Chem. 32 (2011), 2319–2327. doi:10.1002/jcc.21787

关于包含的算法和子模块的引用，请参阅参考文献。

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作者： MDAnalysis 开发团队
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0.7.7-rc1 预发布

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MDAnalysis-2.7.0.tar.gz 的哈希值
算法	哈希摘要
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MD5	`0419cf21a90bd8a5c012c80d1865f47f`
BLAKE2b-256	`3e67c4ec984d4648c2435717fe8f35c54f22d6375eb0383060f8ebc21587bd13`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp312-cp312-win_amd64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp312-cp312-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`3bcc653057e8ea6f35a32e9993d840ae919842fa0756a966966d6eedc1072ee5`
MD5	`af3f7692789308dc58e47e941b1aaab4`
BLAKE2b-256	`5845756cd590d7bbd2056471534d2fba26f984fcb982b1fbf5caba865ac3ef01`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp312-cp312-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
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哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp312-cp312-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp312-cp312-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
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BLAKE2b-256	`ffc3c97adab6fefa4b68a74a7408706f9eb2c49764a71caecba10c035c04ceeb`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp312-cp312-macosx_11_0_arm64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp312-cp312-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
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哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp312-cp312-macosx_10_9_x86_64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp312-cp312-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`486794d7e957e959f612e1f664878e0244594864c057bff0748eca6fef7d1523`
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BLAKE2b-256	`c10a59a809a628abfebc38d55b3db39bdd42bc96bbcdd9adc3c93de017568c29`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp311-cp311-win_amd64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp311-cp311-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`eea51334fb3cc45475003e992c63205f5c5ea34920154ab2cea9d44120b5904b`
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BLAKE2b-256	`864d19a9e60893044ce103ed9def619e7916ff8f341b1f967a1b7767f08c969a`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`1fd4b24cfb5fc63e9ae758251af947702f1a033f9bb38e54e206453c6afd3db0`
MD5	`e651c0b8f2b5bb405f03f743b0a3c1d4`
BLAKE2b-256	`b1b78283e114b1addda0ec0ff13171655254bc47cee9b2d57b4ca72d6f70ed47`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp311-cp311-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`9358a88e4558febc4eca58dc69aeaf836b8eacc92556e0205c6c40497907e3ab`
MD5	`e1362cd1437d68487fe073e21a89c570`
BLAKE2b-256	`0d3ce9982ef4e0ffb376defe9ddac248cb49093a3eb7e32d11d517aa65faa32f`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp311-cp311-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`3be89d52e3442d58b65eef89626147d1e319a7912a913c7fccd78ba878418800`
MD5	`61b02bcfd856e91abd4665192c3d0f01`
BLAKE2b-256	`62d17dcc25e742929fb49fcb72c2822d3d00a24b48ba786e8833882883d2c72d`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp311-cp311-macosx_10_9_x86_64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp311-cp311-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`45a6ad90705ff50ddae7f0d7a2b3ddfd0185e3e8314930874b9fc3ac56853ec9`
MD5	`c26074b4dfddaa5a1f7c6d3852e1920c`
BLAKE2b-256	`126190e5be61437b90106f07f05f61b794b4694313f30c59a5c15a00ae65800b`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp310-cp310-win_amd64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp310-cp310-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`348372eacd74a6be0cd7e2af9a5d6f0aae6b86c16868937bd57f4636e4e6141e`
MD5	`0ad5ac2ceabd8b94454d8b3a4334f6fa`
BLAKE2b-256	`77592907931e82c2ca834a5a8128b792aec2475fee0f9a0fcef1ec7aa68f5fb7`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`3f6924273c498c7134cfe985f2779ebf2f1d4204161c354ae8175779a20794e9`
MD5	`31524cf7c0f957e1432369d3f195474c`
BLAKE2b-256	`5522bbca0189de20e3db885fea4489b4566454402639d4c9d8897c4b7d221775`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp310-cp310-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp310-cp310-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`cd8d2d5318f5adaa2b4143c60f5006bb9f5ef294eea87bea5b35127cc8f30399`
MD5	`0f4bc1e9a782a64a6d1d7306ba6f0dd3`
BLAKE2b-256	`c437b0d4fc7e712feb13fe95fb1250805388f1e366fd4fdaa247025e579d2676`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp310-cp310-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`d9f5506b70614aa21974488c61b150dcf443c2ef50bacba0ff9c5369fdd1dec8`
MD5	`6533037207961479eabeb03940c2ae07`
BLAKE2b-256	`317022ff9aa6b28b87f4a1b64d07d008ec6a7ef6f53d3251b41bdf0b35eecbd0`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp310-cp310-macosx_10_9_x86_64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp310-cp310-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`752a7e79f2195e284bd5c6c74510e7a587050aa15a5fd5d1f0b1c173238c7f9e`
MD5	`2d57304dcad909379164325dd6944761`
BLAKE2b-256	`ffdaba9ab45fa9a082834cd4b3ca8cede9ba3e23aa03bb8867a33e1d623489fa`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp39-cp39-win_amd64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp39-cp39-win_amd64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`345043a6365237a55d20f8dc0e31aa1d4e09e348ca8e1877dee6a2a6f6500c0b`
MD5	`31125df523f9c55d1fc08c7b9b9572d0`
BLAKE2b-256	`c6038bdabb256d010f73fc94102264b8b2cb9018000a797a88561815743d3eee`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`501a473d65ef6e296f50a8d246a77f31ca41752be1f7edc76f88e468d672a41d`
MD5	`ff7f52060d4e04a532e2493ba0c51010`
BLAKE2b-256	`8e79b2731e5db9fa512ce12ebe9696a8ea6b1df2aa3495797dee92e92e1dacaf`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp39-cp39-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`81dfcd1f519fd288921eda7f97db0d1d287d55645c5cbe96031baf6209bfd2f5`
MD5	`801dc7ad710ad5d1c05f28498880f17a`
BLAKE2b-256	`95e381606a3f65d2a3ed7e8494cb00edd1461e54b16c37e61e99db17041753eb`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp39-cp39-macosx_11_0_arm64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`1bd57db448afd1b73f0ea8954f3f1fdf9033442d18cc9f2ef3f1c59930a24e0b`
MD5	`5251ef0584ece47106f5beb465b018da`
BLAKE2b-256	`0123312ce77181799b5cbad48ff1857e009345a09072bd7ee39ea99815dde44e`

哈希值 for MDAnalysis-2.7.0-cp39-cp39-macosx_10_9_x86_64.whl

MDAnalysis-2.7.0-cp39-cp39-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值
算法	哈希摘要
SHA256	`c7dc2b9601126cdd19e2b39ee38fc359977f5ab949ae416fc2470b110fc2c75a`
MD5	`33da08e11d837533304967443797c4ea`
BLAKE2b-256	`8dc1fefe27a9c75d67100c8417378811b1845dc57bc1e9a8ed3edac2c3d39e70`

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