Gator

Mamba导航器，一个用于管理conda环境的Web UI

提供Conda/Mamba环境和包管理作为独立应用程序或作为JupyterLab的扩展。

安装

要求

• conda >= 4.5或mamba >=0.5
• JupyterLab 1.x, 2.x或3.x（仅适用于JupyterLab扩展）

从3.4版本开始，如果找到，此扩展将使用mamba而不是conda。

在经典笔记本中安装

mamba install -c conda-forge mamba_gator

在JupyterLab中安装

mamba install -c conda-forge jupyterlab mamba_gator

如果您使用JupyterLab 1.x或2.x，可以使用以下命令安装扩展

jupyter labextension install @mamba-org/gator-lab

可选地，您可以安装jupyterlab-tour为conda包管理器添加帮助导览。

JupyterLab

此扩展在“设置”菜单中添加了一个新的条目 Conda软件包管理器。

第一次构建可用软件包列表可能需要一些时间。但一旦获得，它将被缓存并在后台更新，以获得更流畅的用户体验。

Gator（Mamba导航器）

该项目包含一个独立的导航器应用程序，与JupyterLab扩展共享大量代码。

经典Jupyter笔记本

经典Jupyter笔记本仅支持5.0之前的版本。但您可以直接使用独立的导航器工具管理conda环境。为此，您需要在终端中执行以下命令

gator

创建新环境

有三种方法可以创建环境

• 创建新环境 使用页面顶部的“新建环境”按钮，选择 Python 3 或 R 以创建具有相应软件包的基本环境。请注意，如果您想在新的环境中运行Jupyter python内核，还必须在环境中安装 ipykernel 软件包。

• 克隆现有环境 点击列表中环境旁边的克隆按钮，并输入新环境的所需名称。

• 从YAML文件导入已导出的环境

在线试用

打开 Gator（Mamba导航器）：

打开JupyterLab：

开发

mamba create -c conda-forge -y -n gator python jupyterlab=3
mamba install -c conda-forge -y -n gator --file requirements_dev.txt
conda activate gator
pip install -e .
jupyter server extension enable mamba_gator --sys-prefix

yarn install
yarn run build:dev
jupyter labextension link packages/common/ packages/labextension/

致谢

此工作始于 @fcollonval 对Anaconda nb_conda软件包 的分支。分支的决定是由于先前软件包显然处于死亡状态，并且需要在JupyterLab中集成它。

然后随着QuantStack推动的 mamba倡议，将项目移动到 mamba-org 组织是有意义的。

变更日志

5.1.2

• 安全更新
  • 将handlebars从4.7.6提升到4.7.7 (#143)
  • 将hosted-git-info从2.8.8提升到2.8.9 (#144)
  • 将lodash从4.17.20提升到4.17.21 (#145)
  • 将browserslist从4.16.1提升到4.16.6 (#146)
  • 将ws从7.4.2提升到7.4.6 (#148)
  • 将postcss从7.0.35提升到7.0.36 (#149)
  • 将tar从4.4.13提升到4.4.15 (#151)
  • 将path-parse从1.0.6提升到1.0.7 (#152)
  • 将tar从4.4.15提升到4.4.19 (#153)
• 维护
  • 添加关键字和PyPI分类器

5.1.1

• 错误修复
  • 修复更新或重新安装后 #139 后Gator未显示的问题

5.1.0

• 功能
  • 使用更快的 mamba repoquery search 命令来列出软件包，而不是使用 conda search #133（感谢 @ericpre）
• 错误修复
  • 修复Windows上的mamba检测问题 #135（感谢 @ericpre）

5.0.0

• 功能
  • 升级到JupyterLab 3和新的Jupyter服务器
    您无需安装比pip或conda软件包更多的任何东西。
  • 取消对经典笔记本的支持。

4.1.0

• 功能
  • 依赖关系图（目前通过单击已安装的版本） #83
• 错误修复
  • 修复缺少经典笔记本扩展 #115
  • 修复Windows上未检测到mamba #119

4.0.0

• 功能
  • 转移到mamba-org
  • 集成一个独立的应用程序
  • JupyterLab、经典笔记本和Gator的共同前端
  • 可选地依赖于 nb_conda_kernels

3.4.1

• 功能
  • 更好的日志记录器
• 错误
  • 通过在异步执行器中运行昂贵的代码来减少UI冻结时间

3.4.0

• 功能
  • 如果可用，请使用 mamba。否则使用 conda #46
  • 迁移到 GitHub 工作流程（扩展到 JupyterLab 代码的覆盖率）
• 错误
  • 修复经典笔记本中错误的重定向 URL #47
  • 修复由完整 URL 提供的通道未正确处理 #55

3.3.1

• 错误
  • 修复导出始终从历史记录中导出（忽略设置）

3.3.0

• 功能
  • 添加设置 fromHistory 以使用 --from-history 导出环境（适用于 conda >= 4.7.12） #39
• 错误
  • 修复缺失的 channeldata.json 文件 #36
  • 修复公共 API 中缺失的环境更新 #37
• 文档
  • 使用 Swagger 开始 REST API 描述

3.2.0

• 现在可用的包缓存文件对每个人都是可写的，以避免在多用户环境中的麻烦。 #25

• 通过 REST 端点 PATCH /environments/ 添加从文件更新环境的选项 #26

• 切换到较新的 Python 语法 async-await

• 为了提高 Jupyterlab 中的 UI 反应性

  • 现在可以取消长时间运行的任务 #32
  • 现在使用可用的包列表来查找可更新的包。不再使用 conda update --dry-run --all。但如果用户请求更新所有可能的包，则仍会使用。

3.1.0

• 请求环境列表现在接受 whitelist=0 或 1 查询参数。如果为 1，则环境列表将根据 KernelSpecManager.whitelist 过滤。默认值为 0，但可以在用户设置中修改。
• JupyterLab 扩展
  • IEnvironmentManager.getPackageManager() 总是返回相同的 Conda.IPackageManager，否则信号包操作将没有意义。
  • 添加指定内核伴侣的能力；即检查如果某个内核中安装了某些包，它们必须遵守一定的版本范围。伴侣可以通过用户设置指定。
  • 微调 UI

3.0.0

• 重构服务器/客户端 API 以使其更 RESTful，并为长时间操作返回 202 状态
• 在临时目录中缓存可用的包列表
• 大大提高服务器扩展的覆盖率
• JupyterLab 扩展仅限
  • 允许用户在从头创建时更改建议的环境
  • 添加信号以处理环境和包的变化（参见 labextension\src\__tests__\services.spec.ts）
  • 通过使用 react-virtualized 对包列表进行改进以提高 UI 反应性
  • 改进外观和感觉
• 已删除可用的包截断。

2.5.1

• 在请求 channeldata.json 文件时捕获 SSLError

2.5.0

• 将环境导出为 YAML 格式（仍然支持导入旧格式）。
• 通过首先加载已安装的包来提高响应性。然后请求可用的包。
• BUG 删除环境时尽管一切顺利，但会提示 BUG 错误
• 缓存一些 API 请求（GET 环境、GET 通道和 GET 可用包）。
• 现在可用的包截断到 100。
  • 使用查询参数 $skip 跳过前 N 个包
  • 如果列表长于 100，则在响应中返回一个 $next 条目。这是获取下一批包的请求 URL。
• 在浏览器控制台中报告完整的错误消息，以简化调试。

2.4.2

• BUG 环境未显示
• BUG 如果在用户主目录中或包含空格的目录中安装包，则在开发模式下安装包失败
• 改进 API 从前端返回的错误反馈

2.4.1

• BUG conda 4.6 的 conda search 崩溃

2.4.0

• 添加开发模式下安装包的功能（通过 pip）

2.3.x

• 添加受 Anaconda Navigator 启发的 JupyterLab 扩展
  • 检索 conda 包描述
  • 添加包网站链接（如果可用）
• 支持 conda >= 4.5
• 使所有 conda 请求异步
• 使用自动安装 Jupyter Notebook 扩展（请参阅 此处）

2.2.1

• 修复检查更新功能中的错误

2.2.0

• 支持 conda 4.3
• 支持笔记本安全修复，该修复在笔记本 4.3.1 中引入

2.1.0

• 修复环境导出按钮
• 允许使用单个字母的环境名称，并对“可疑”字符进行验证

2.0.0

• 更新到新的 jupyter_conda_kernels 命名方案
• 将所有 API 调用命名空间到 /conda/

1.1.0

• 修复在根环境中的使用

1.0.1

• 轻微的构建更改

1.0.0

• 更新到笔记本 4.2