一个用于访问和分析MalariaGEN数据的包。
项目描述
malariagen_data - 使用Python分析MalariaGEN数据
此Python包提供访问和分析MalariaGEN数据的方法。
安装
从Python包索引（PyPI）提供的malariagen_data Python包可以通过pip安装，例如。
pip install malariagen-data
文档
公共API中类和方法的文档可在以下位置获取
发布说明（变更日志）
请参阅GitHub 发布中的发布说明。
开发者设置
要为开发设置环境，请观看此视频以及下面的说明。
分叉并克隆此存储库
git clone git@github.com:[username]/malariagen-data-python.git
安装 Python，例如：
sudo add-apt-repository ppa:deadsnakes/ppa
sudo apt install python3.9 python3.9-venv
安装 pipx，例如：
python3.9 -m pip install --user pipx
python3.9 -m pipx ensurepath
安装 poetry，例如：
pipx install poetry==1.8.2 --python=/usr/bin/python3.9
创建开发环境
cd malariagen-data-python
poetry use 3.9
poetry install
激活开发环境
poetry shell
安装 pre-commit 和 pre-commit 插件
pipx install pre-commit --python=/usr/bin/python3.9
pre-commit install
手动运行 pre-commit 检查（isort、black、blackdoc、flake8、...）
pre-commit run --all-files
使用模拟数据运行快速单元测试
poetry run pytest -v tests/anoph
要运行读取 GCS 数据的旧版测试，您需要安装 Google Cloud CLI。例如，在 Linux 上：
./install_gcloud.sh
然后您需要获取应用程序默认凭据，例如：
./google-cloud-sdk/bin/gcloud auth application-default login
完成此操作后，您可以运行旧版测试
poetry run pytest --ignore=tests/anoph -v tests
第一次运行测试时，测试会较慢，因为需要从 GCS 读取测试所需的数据。后续运行将更快，因为数据将缓存在本地的 "gcs_cache" 文件夹中。
发布流程
创建新的 GitHub 发布。就这样。这将自动触发将新版本发布到 PyPI 以及通过 GitHub Actions 发布新版本的文档。
然后可以通过修改 docs/source/_static/switcher.json 文件来更新文档的版本切换器。
下载文件
下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于安装包的信息。
源分布
malariagen_data-13.2.1.tar.gz (141.8 kB 查看散列)
构建分布
malariagen_data-13.2.1-py3-none-any.whl (169.4 kB 查看散列)
关闭
malariagen_data-13.2.1.tar.gz的散列
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 280876cdbc36ce7637fe54b5711cf9111f8e563b7fbb68a2065b2b3c740e2351 |
|
| MD5 | 2c33296b539dee27a91b5706d621edf4 |
|
| BLAKE2b-256 | ac74dddf45be05c19a9f38a31336cc23a26f2322bf146e05aef20cf57d94375e |
关闭
malariagen_data-13.2.1-py3-none-any.whl的散列
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 2c432ab090724c5c4dfa6d3f4c1598dd2ad7b6638ffeeffc571fe73c39d76be0 |
|
| MD5 | 148af134aebcd1b2d3ab9233d1bba017 |
|
| BLAKE2b-256 | 27948dca18853f7c67f728b96bb14c96f6306e8fbc259203ab67bcfd45e3a35c |