分析界面和受限系统的分子动力学模拟。

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元数据
  • 许可证： GNU通用公共许可证v3 (GPLv3) (GPL-3.0-or-later)
  • 作者： MAICoS开发团队
  • 维护者： Philip Loche, Henrik Stooß, Alexander Schlaich
  • 标签 科学, 分子动力学, 受限系统, MDAnalysis
  • 要求： Python >=3.9
分类

项目描述

MAICoS

MAICoS 是分子分析界面和受限系统的缩写。它是一个面向对象的 Python 工具包，用于分析分子模拟界面和受限流体的结构和动力学。与 MDAnalysis 结合使用，MAICoS 可以从轨迹文件中提取密度分布、介电常数、结构因子或传输性质，包括 LAMMPS、GROMACS、CHARMM 或 NAMD 数据。MAICoS 是开源的，并按照 GNU 通用公共许可证 v3.0 发布。

MAICoS 是一个适合没有 Python 经验的分子模拟初学者的工具。对于这些用户，MAICoS 提供了一个描述性命令行界面。经验丰富的用户可以使用 Python API 进行日常分析，或使用提供的框架构建自己的界面和受限系统分析。

通过关注我们的 Twitter 了解 MAICoS 的最新动态。如果您发现任何问题，可以在 Gitlab 上报告。您还可以加入 Discord 上的开发者团队，讨论 MAICoS 的可能改进和使用方法。

基本示例

这是一个简单的示例，展示如何使用 MAICoS 从分子动力学模拟中提取密度分布。文件 conf.gro 和 traj.trr 对应于来自 GROMACS 模拟软件包的模拟文件。在 Python 环境中，输入

import MDAnalysis as mda
import maicos

u = mda.Universe("conf.gro", "traj.trr")
dplan = maicos.DensityPlanar(u.atoms).run()

可以从 dplan.results.profile 访问密度分布，从 dplan.results.bin_pos 访问箱子的位置。

文档

有关详细信息、教程和示例，请参阅我们的 文档。如果您使用的是 MAICoS 的旧版本，您可以在 ReadTheDocs 上找到相应的文档。

安装

使用 pip 安装 MAICoS：

pip install maicos

或者使用 conda：

conda install -c conda-forge maicos

分析模块列表

目前，MAICoS 支持以下分析模块

模块名称

描述

DensityPlanar

计算笛卡尔偏密度分布

DensityCylinder

计算圆柱偏密度分布

DensitySphere

计算球面偏密度分布

TemperaturePlanar

在笛卡尔几何中计算温度分布

DielectricPlanar

计算平面介电分布

DielectricCylinder

计算圆柱介电分布

DielectricSphere

计算球面介电分布

DielectricSpectrum

计算线性介电光谱

Saxs

计算小角 X 射线散射强度 (SAXS)

DiporderPlanar

计算平面偶极顺序参数

DiporderCylinder

计算圆柱偶极顺序参数

DiporderSphere

计算球面偶极顺序参数

PDFPlanar

计算片状平面二维配对分布函数

PDFCylinder

计算圆柱壳状一维配对分布函数

DipoleAngle

计算偶极矩的时间序列角度

KineticEnergy

计算能量的时间序列

VelocityPlanar

在笛卡尔几何中计算速度分布

VelocityCylinder

计算圆柱的笛卡尔速度分布

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  • 要求： Python >=3.9
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