使用层次聚类对轨迹进行语言学路径分析

一个友好的Python工具，用于从分子动力学和加权系综模拟中聚类路径。

版权

本软件以MIT许可证分发。

版权 © 2023, Anthony Bogetti, Jeremy Leung, Lillian Chong

快速入门指南

用户可以通过PyPI（推荐）或从GitHub源安装此程序。默认情况下，LPATH以运行经典MD模拟所需的最小配置安装。打算分析WESTPA模拟的用户应在同一环境中安装WESTPA。

1. 从PyPI安装： python -m pip install lpath-md
2. 从GitHub源安装
   1. 克隆git仓库： git clone https://github.com:chonglab-pitt/lpath
   2. 进入文件夹： cd lpath
   3. 以可编辑模式安装程序： python -m pip install -e .
3. 您可以安装各种可选依赖项。这些依赖项与上面列出的任何安装选项兼容。
   1. 使用WESTPA安装： python -m pip install lpath-md[westpa]
   2. 使用终端用户界面（TUI）安装： python -m pip install lpath-md[tui]
   3. 开发者可以使用[dev]（所有依赖项）或[test]（运行测试的最小依赖项）安装： python -m pip install lpath-md[dev]
   4. 选项可以组合： python -m pip install lpath-md[westpa,tui]

致谢

项目基于 Computational Molecular Science Python Cookiecutter 版本 1.1。