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晶格光片SLM图案生成器

项目描述

license_shield python_shield travis_shield


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版权所有 © 2017 Talley Lambert,哈佛医学院。


llspy-slm 是一个简单的Python应用程序,用于生成二值掩码以驱动Lattice Light Sheet显微镜上的空间光调制器(SLM)。它可以生成 正方形晶格六边形晶格,并包括自动设置各种参数的能力,如波长相关的光束间距(也可完全手动控制)。此外,还有一个批量正方形晶格功能,可以轻松生成大量参数排列。

请在文档中查看完整的用法说明。

LLSpy SLM Pattern Generator GUI

要求

  • 兼容Windows(在7/10上测试过),Mac或Linux(在Ubuntu 16.04上测试过)

  • Python 3.7,3.6,3.5或2.7

安装

  1. 安装Anaconda

  2. 启动一个 终端 窗口(OS X,Linux),或 Anaconda Prompt(Windows)

  3. 安装llspy-slm(注意:从版本0.2.0开始,您现在必须明确安装pyside2或pyqt)

    > conda create -n slmenv
    > conda activate slmenv
    > conda install -c talley -c conda-forge llspy-slm pyqt

    “create -n slmenv”命令行用于创建虚拟环境。这虽然是可选的,但推荐这样做,因为它更容易干净地卸载,并防止与其他Python环境发生冲突。如果要在虚拟环境中安装,在继续之前必须激活环境,并且每次使用llspy-slm之前都需这样做。

  4. 可以使用“slmgen”启动GUI。如果需要,可以创建一个bash脚本或批处理文件来自动加载环境和启动程序。

    # Launch Anaconda Prompt and type...
    
    > conda activate slmenv
    
    # launch the gui
    > slmgen

请在文档中查看完整的用法说明。

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LLSpy版本历史

0.1.1

变更

  • 在slm.py中重命名了主函数

  • 在GUI中提高了裁剪精度到0.001

修复

  • 在Windows上,由于Windows多线程的奇怪行为,批处理写入功能会创建不可预测的输出文件。目前,将批处理写入限制为Windows上的单个线程...这将使速度比Mac或Linux慢。

  • 修复阻止将十六进制模式写入文件的错误

  • 修复当批处理平移/倾斜范围有一个单独的数字<=0时的错误

0.1.0

首次作为独立包发布(独立于LLSpy主包)

新增

  • 在SLM图案生成器中添加了十六进制模式生成器

  • 在SLMgen中添加了龙卷风刻线图案生成器

  • 批量SLM图案生成

  • SLM生成器GUI的文档

  • 在SLM图案生成器中可对SLM预览进行抖动

  • 用户可调整的SLM图案预览LUTs

变更

  • SLM图案生成器已移入独立的包:slmgen

  • 在批量写入SLM图案时提供更好的多线程支持

修复

  • SLM图案生成器现在写入1位文件,可在SLM上使用,而不是8位png(感谢Felix的报告)

版权(c)2017 - 哈佛学院总裁及全体教员。保留所有权利。

开发人员:Talley Lambert,博士,哈佛医学院细胞生物学显微镜设施 http://cbmf.hms.harvard.edu/ 哈佛大学案件编号HU 7053 - 晶格光片软件(LLSpy)

特此授予任何获得本软件及其相关文档文件(以下简称“软件”)副本的任何人无限制地处理软件的权利,包括但不限于使用、复制、修改、合并、发布、分发、再许可和/或出售软件副本的权利,并允许向软件提供者提供软件的人这样做,前提是遵守以下条件

  • 源代码的再分发必须保留上述版权声明、本条件列表和以下免责声明。

  • 二进制形式的再分发必须在文档和/或其他随分发提供的材料中复制上述版权声明、本条件列表和以下免责声明。

  • 未经事先书面许可,不得使用细胞生物学显微镜设施、哈佛医学院、哈佛大学、哈佛盾或标志的名称或其贡献者的名称来认可或推广源自本软件的产品。

软件按“原样”提供,不提供任何形式的保证,无论是明示的还是暗示的,包括但不限于适销性、特定用途适用性和非侵权性保证。在任何情况下,贡献者或版权所有者不应对任何索赔、损害或其他责任负责,无论这种责任是基于合同、侵权或其他方式,以及与软件或软件的使用或其他交易有关。

项目详情


下载文件

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源代码分发

llspy-slm-0.2.1.tar.gz (752.0 kB 查看哈希值)

上传时间 源代码

构建分发

llspy_slm-0.2.1-py3-none-any.whl (752.4 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 3