构建和处理分类树（宏基因组读取计数、重映射等）的高效工具包。
项目描述
living-tree-toolkit
一个用于处理分类树（丰度计算、读取计数统计等）以及使用从NCBI分类数据库检索到的谱系数据生成分类树的效率工具包。
使用treelib API快速构建复杂树，使用ete3工具包 API从NCBI分类数据库检索数据。
此项目是ONN4MDM项目的子项目，如果您用于学术目的，请引用我们。
更新
- 2020/03/27:
- 开始最终确定项目框架并发布初始版本。
- 2020/04/14:
- API更新
update_value和get_matrix - 新增方法
get_top_down_ids、get_bottom_up_ids、get_ids_by_level和get_paths_to_level - 执行效率显著提高
- API更新
文档
有关安装、示例和API参考，请参阅https://living-tree-toolkit.readthedocs.io/en/latest/
维护者
| 姓名 | 电子邮件 | 组织 |
|---|---|---|
| Hui Chong | huichong.me@gmail.com | 复旦大学脑启智能科学技术研究院助理研究员 |
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源代码分发
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构建分发
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living-tree-0.0.6.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 1c8493ee3a5899f358326f1e2957249f47a710caf2ac4930dc0f62f14fdcb3d4 |
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living_tree-0.0.6-py3-none-any.whl的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 1b57702eab34209b035eb504a9e9cbcd1c548a550ead87b671df52f5af1a6860 |
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| MD5 | 4506c81e43ecb84a29a3c7166c71a4c0 |
|
| BLAKE2b-256 | 72e56451ea7101f933cdc6d15dcbda39abd2a83771f50696e8606398b1045f3c |