AreTomo (w)rapper for rln4
项目描述
li'l AreTomo
AreTomo的轻量级Python API。
安装
建议在一个新的虚拟环境中安装。
pip install lil_aretomo
使用方法
import numpy as np
import mrcfile
from lil_aretomo import align_tilt_series
tilt_series = mrcfile.read('my_tilt_series.mrc')
align_tilt_series(
tilt_series=tilt_series,
tilt_angles=np.linspace(-60, 60, 41),
pixel_size=1.35, # angstroms per pixel
sample_thickness_nanometers=2000, # angstroms
correct_tilt_angle_offset=True,
basename='TS_01', # basename for files passed to AreTomo
output_directory='TS_01_AreTomo',
skip_if_completed=False # set to True to skip if results from a previous alignment are present
)
对于开发者
我们使用pre-commit来确保代码风格和格式保持一致。
要安装可编辑模式的开发依赖包
pip install -e .[dev]
pre-commit install
Flake8, black和isort将在每次提交时自动运行。
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lil_aretomo-0.1.1.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 02ccb0efbf2c06304570117f142e78331bfffdde46864e22de11c6cd7f30f178 |
|
| MD5 | 9969aa604e174861c215c1b4df0c48c6 |
|
| BLAKE2b-256 | 6a525226ffe39caa5f12ba6ab8172466952c5d4799e8d5d2906529f0d0932731 |
关闭
lil_aretomo-0.1.1-py2.py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 7318f945626f66b7700eac7b27172849d8991d02e87d55a17ba5d09263c08e8e |
|
| MD5 | c382a962706dfd40a59857a1804167bd |
|
| BLAKE2b-256 | 788510273a7dede1739a6c16062956a4d78db13c5f15f347e3fb580c48ec2538 |