用于模拟随机突变实验的Python软件包
项目描述
Library simulator是一个Python包，用于生成给定核苷酸序列和易错聚合酶的随机突变库。
示例
创建一个库
from library_simulator import LibrarySimulator
lib = LibrarySimulator("example.fasta",mutation_spectrum="published")
lib.simulate(num_samples=10,mutation_rate=2)
lib.clones
aa: 氨基酸变化 (
*: 新的终止密码子)base: 基因变化 (
-和+是插入和删除)num: 氨基酸变化的总数（如果有提前终止或插入/删除，则可能是一个很大的数字）
indel: 是否有插入/删除
stop: 是否有新的终止密码子
start: 实际的起始密码子是否被破坏
找出突变频率与突变率的类别
from library_simulator import LibrarySimulator, util
lib = LibrarySimulator("example.fasta",mutation_spectrum="published")
f_v_r = util.freq_vs_mutation_rate(lib,num_samples=10000)
util.plot_freq_vs_mutation_rate(f_v_r)
请参阅example/examples.ipynb以获取更多功能。
安装
pip install library_simulator假设
每个克隆的突变数由泊松过程确定。
突变位点在克隆内和克隆之间是独立的
每种可能的突变（A->T，G->C等）的概率由酶决定，而不是序列。不同酶的配置文件可在以下位置找到：
library_simulator/mutation_spectra
下载文件
下载适用于您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解有关安装包的更多信息。
源分布
library_simulator-0.1.tar.gz (104.8 kB 查看哈希值)
构建版本
library_simulator-0.1-py3.6.egg (18.9 kB 查看哈希值)
library_simulator-0.1-py3-none-any.whl (11.1 kB 查看哈希值)
