用于处理神经元模型NeuroML描述的Python库
项目描述
简介
此软件包提供Python libNeuroML，用于处理在NeuroML 2中指定的神经元模型。
有关libNeuroML的更多信息，请参阅
Michael Vella, Robert C. Cannon, Sharon Crook, Andrew P. Davison, Gautham Ganapathy, Hugh P. C. Robinson, R. Angus Silver和Padraig Gleeson，libNeuroML和PyLEMS：使用Python结合计算神经科学的程序性和声明性建模方法 Frontiers in Neuroinformatics 2014，doi: 10.3389/fninf.2014.00038
如果您使用libNeuroML，请务必引用上述论文！
文档可在http://readthedocs.org/docs/libneuroml/en/latest/找到
有关安装说明，请参阅http://readthedocs.org/docs/libneuroml/en/latest/install.html
有关所有NeuroML相关库/文档/出版物概述，请参阅 https://docs.neuroml.org
pyNeuroML
一个相关的包，pyNeuroML 建立在之上，并提供读取、写入、模拟和分析NeuroML2/LEMS模型的功能、脚本和模块。
pyNeuroML建立在：libNeuroML & PyLEMS 以及 jNeuroML 的功能之上。
libNeuroML的开发过程
大部分工作发生在开发分支。该分支与NeuroML 2和相关库的开发分支保持同步。有关各种NeuroML库的概述，请参阅 https://docs.neuroml.org/。
变更日志
另请参阅 https://github.com/NeuralEnsemble/libNeuroML/releases。
版本 0.5.8
- 删除py3.7，添加py3.12
- 修复加载器以检查给定路径并回退到相对路径
- 扩展
get_segment_groups_from_substring以包括unbranched过滤器 - 更多类型提示/文档修复
版本 0.5.7
- 为写入/加载器提供更多文档
版本 0.5.6
- 修复写入模块的文档
版本 0.5.5
- 更新架构，为NML 2.3版本发布更改
版本 0.5.4
- 使用natsort提高优化时段/组的排序
版本 0.5.3
- 添加到架构文档的链接
- 从遗留的setup.py迁移到pyproject.toml构建系统
版本 0.5.2
- 明确依赖numpy
版本 0.5.1
- 对GHA的更新
版本 0.5.0
- 在py3.11上启用CI
- 修复加载器
- 使用black格式化代码
- 添加形态的图形表示，以及计算段之间距离的方法
版本 0.4.1
- 添加多个细胞构建器实用函数
- 通用辅助函数的性能改进
- 文档修复/改进
- 为所有nml类添加类型注释，以帮助用户
- 添加级别1验证方法
- 添加通用组件检查方法
版本 0.4.0
- 更新以使用架构版本2.3
- 删除对python 2的支持
版本 0.3.1
- 在生成的
nml.pyAPI 中包含架构文档 - 引入向组件添加子/子元素的一般方法
版本 0.2.58
- 多个文档修复
版本 0.2.57
- 启用Python 3.10支持
- 使用Python 3重新生成nml.py使用generateDS
- 为所有NeuroML ComponentType类添加通用的
add方法，允许用户轻松构建他们的NeuroML文档。 - 改进单元测试
- 弃用通知：
append_to_element将在未来版本中弃用，请改用add方法
版本 0.2.56
- 更新RTD文档和其他小修复。
版本 0.2.55
- 底层的补丁发布，包含一些小变化。
- 使用PyTest进行测试。
- 在GitHub Actions上启用CI
版本 0.2.54
- 使用NeuroML v2.1的架构。更好地与Python 3兼容
版本 0.2.50
- 更新到使用NeuroML v2.0的最终稳定架构
版本 0.2.47
- 更新到使用NeuroML v2beta5的最终稳定架构
版本 0.2.18
- 更新到使用NeuroML v2beta4的最终稳定架构
- 在Python 3上测试
版本 0.2.4
- 更新到使用NeuroML v2beta4的架构
版本 0.2.2
- 更新到使用NeuroML v2beta3的架构
- 确保numpy & pytables仅在非XML加载器/写入器中使用时才需要
版本 0.2.0
- 已更新为使用NeuroML v2beta2架构
版本 0.1.9
- 小版本更新：更新到最新架构
版本 0.1.8
- 修复了几个错误并进行了小幅度改进
- 支持最新的NeuroML架构（请参阅变更概述）
- JSON序列化
- MongoDB后端
- HDF5序列化
- 改进了安装过程
- 所有使用示例现在都在Travis-CI持续集成服务器上运行，以确认它们没有错误。
- 架构验证工具
- 改进了文档，并更新了文档外观
版权：2023年libNeuroML团队版权所有，详见AUTHORS。修改版BSD许可，详见LICENSE获取详细信息。
下载文件
下载适用于您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解有关安装包的更多信息。
源分布
构建分布
libneuroml-0.6.5.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | f54fecd1472069a72a0869714e98f0cf185e7a64c449ead86db627bb4118ece5 |
|
| MD5 | 070ece294e6d55a3fc1f9f471cb026d1 |
|
| BLAKE2b-256 | 0842a9406dc131ac9282e7dada44f19256ac25934c66d1d19b27dde1ca113bf7 |
libNeuroML-0.6.5-py3-none-any.whl的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | d62e079414ea484f76f45c7b682ebfa3fff288da6262e1a9672616fc8bb8ea58 |
|
| MD5 | 1dccf168d85544d11ca9afb5a2edb176 |
|
| BLAKE2b-256 | 0d16f92b9e47667dfae4e0e18a8eb83ff255a5cd87071ed64322554857ef27fd |
