lfdfiles 2024.9.15

快速入门

从Python包索引安装lfdfiles包及其所有依赖项

python -m pip install -U "lfdfiles[all]"

打印命令行脚本用法

python -m lfdfiles --help

lfdfiles库已通过docstrings进行类型注解和文档化。

请参阅示例以了解如何使用编程接口。

源代码和支持可在GitHub上获得。

需求

此版本已测试以下需求和相关依赖项（其他版本可能也有效）

• CPython 3.10.11, 3.11.9, 3.12.5, 3.13.0rc2 64位

• Cython 3.0.11（构建）

• NumPy 2.1.1

• Tifffile 2024.8.30（可选）

• Czifile 2019.7.2（可选）

• Oiffile 2024.5.24（可选）

• Netpbmfile 2024.5.24（可选）

• Matplotlib 3.9.2（可选，用于绘图）

• Click 8.1.7（可选，用于命令行应用程序）

修订记录

2024.9.15

• 改进类型。

• 弃用 Python 3.9，支持 Python 3.13。

2024.5.24

• 修复 GitHub 上未正确渲染的文档字符串示例。

2024.4.24

• 支持 NumPy 2。

2024.3.4

• 修复解码 32 位、16 窗口、4 通道 Spartan6 FBD 文件（#1）。

2023.9.26

• 从 VistaIfli 中移除相量和寿命方法（破坏性）。

• 将 SimfcsFbd 和 SimfcsFbf 重命名为 FlimboxFbd 和 FlimboxFbf（破坏性）。

• 弃用 SimfcsFbd 和 SimfcsFbf。

• 支持 int16 FLIMbox 互相关相位索引（箱子）。

• 为 ISS VistaVision FLIMbox 设置添加 FlimboxFbs 类。

• 添加 32 位、16 窗口、4 通道 FlimboxFbd 的解码器（未测试）。

2023.9.16

• 基于文件格式规范重写 VistaIfli（破坏性）。

• 定义位置和关键字参数（破坏性）。

• SimfcsFbd.asarray 仅返回箱子（破坏性）。

2023.8.30

• …

有关旧版本修订记录，请参阅 CHANGES 文件。

注意

API 尚未稳定，可能在修订之间发生变化。

不再支持 Python <= 3.8。弃用 32 位版本。

Windows 需要最新的 Microsoft Visual C++ Redistributable for Visual Studio 2015-2022。

LFD 的许多文件格式未进行文档说明，可能随意更改。此实现主要基于对现有文件的逆向工程。无法保证代码和文档的正确性。

实验数据通常存储在纯二进制文件中，元数据存储在单独的、可读的日志文件中（.jrn）。

除非指定，否则数据按小端、C 连续顺序存储。

参考文献

以下软件在本模块中引用

1. SimFCS，又名 Images 的全局变量，是由 UCI 的 Enrico Gratton 开发的荧光图像采集、分析和模拟软件。

2. Globals，又名 Spectroscopy 的全局变量，是由 UIUC 和 UCI 的 Enrico Gratton 开发的荧光光谱学多文件分析软件。

3. ImObj 是 UIUC 的 LFD 开发的图像分析软件。在 Win16 上实现。

4. FlimFast 是由 UIUC 的 Christoph Gohlke 开发的视频速率的频率域、全场荧光寿命成像软件。

5. FLImage 是由 UIUC 的 Christoph Gohlke 开发的频率域、全场荧光寿命成像软件。在 LabVIEW 中实现。

6. FLIez 是由 UIUC 的 Glen Redford 开发的频率域、全场荧光寿命成像软件。

7. Flie 是由 MPIBPC 的 Peter Schneider 开发的频率域、全场荧光寿命成像软件。在 Sun UltraSPARC 上实现。

8. FLOP 是由 MPIBPC 的 Christoph Gohlke 开发的频率域、 cuvette 荧光寿命测量软件。在 LabVIEW 中实现。

9. VistaVision 是由 ISS Inc（Champaign，IL）提供的仪器控制、数据采集和数据处理的商业软件。

10. Vaa3D 是由 Allen Institute 的 Hanchuan Peng 研究组开发的多维数据可视化和分析软件。

11. Voxx 是由 Indiana University 的 Jeff Clendenon 等人开发的三维显微镜体积渲染程序。

12. CCP4（协作计算项目第4号），是用于大分子X射线晶体学的软件。

示例

从NumPy数组创建Bio-Rad PIC文件

>>> data = numpy.arange(1000000).reshape(100, 100, 100).astype('u1')
>>> bioradpic_write('_biorad.pic', data)

将PIC文件中的体积数据读取为NumPy数组，并访问元数据

>>> with BioradPic('_biorad.pic') as f:
...     f.shape
...     f.spacing
...     data = f.asarray()
...
(100, 100, 100)
(1.0, 1.0, 1.0)

将PIC文件转换为压缩的TIFF文件

>>> with BioradPic('_biorad.pic') as f:
...     f.totiff('_biorad.tif', compression='zlib')
...