leicaimage

源代码: https://github.com/MartinHjelmare/leicaimage

处理莱卡矩阵筛选器实验图像。

leicaimage库是leicaexperiment库的修改版本，作为该库的替代品构建，但不包含任何xml或图像处理。这也使得leicaimage在没有重依赖的情况下工作。

概述

这是一个用于与莱卡LAS AF/X矩阵筛选器实验接口的Python模块。

该模块可用于

• 根据属性（如
  • 幻灯片（S）
  • 井位置（U，V）
  • 字段位置（X, Y）
  • z栈位置（Z）
  • 通道（C）

安装

通过pip（或您喜欢的包管理器）安装此软件

pip安装leicaimage

用法

访问所有图像

from leicaimage import Experiment

experiment = Experiment('path/to/experiment--')

for image in experiment.images:
    ...

访问特定的井/字段

from leicaimage import Experiment

experiment = Experiment('path/to/experiment--')

# on images in well --U00--V00
for well in experiment.well_images(0, 0):
    ...

从文件名中提取属性

from leicaimage import attribute

# get all channels
channels = [attribute(image, 'C') for image in experiment.images]
min_ch, max_ch = min(channels), max(channels)

致谢

此软件包是由Copier和browniebroke/pypackage-template项目模板创建的。