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处理莱卡矩阵筛选器实验图像。

项目描述

leicaimage

CI Status Test coverage percentage

Poetry Ruff pre-commit

PyPI Version Supported Python versions License


源代码: https://github.com/MartinHjelmare/leicaimage


处理莱卡矩阵筛选器实验图像。

leicaimage库是leicaexperiment库的修改版本,作为该库的替代品构建,但不包含任何xml或图像处理。这也使得leicaimage在没有重依赖的情况下工作。

概述

这是一个用于与莱卡LAS AF/X矩阵筛选器实验接口的Python模块。

该模块可用于

  • 根据属性(如
    • 幻灯片(S)
    • 井位置(U,V)
    • 字段位置(X, Y)
    • z栈位置(Z)
    • 通道(C)

安装

通过pip(或您喜欢的包管理器)安装此软件

pip安装leicaimage

用法

访问所有图像

from leicaimage import Experiment

experiment = Experiment('path/to/experiment--')

for image in experiment.images:
    ...

访问特定的井/字段

from leicaimage import Experiment

experiment = Experiment('path/to/experiment--')

# on images in well --U00--V00
for well in experiment.well_images(0, 0):
    ...

从文件名中提取属性

from leicaimage import attribute

# get all channels
channels = [attribute(image, 'C') for image in experiment.images]
min_ch, max_ch = min(channels), max(channels)

致谢

此软件包是由Copierbrowniebroke/pypackage-template项目模板创建的。

项目详情


下载文件

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源分发

leicaimage-0.4.0.tar.gz (6.3 kB 查看哈希值)

上传时间

构建分发

leicaimage-0.4.0-py3-none-any.whl (6.2 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 3

由以下支持