klustakwik2 0.2.7

安装说明

使用Anaconda发行版安装Python。您需要安装numpy、scipy、cython和nose这些包。对于Windows系统，Python 2.7可能比3.x版本更合适。

在所有平台上，可以使用以下命令安装KlustaKwik：pip install klustakwik2（从源安装）或conda install -c kwikteam klustakwik2（预编译的二进制文件）。默认的安装选项如下：

• Linux：默认启用多线程。

• Windows：如果安装了MSVC，则默认启用多线程，否则关闭。注意，在Anaconda发行版下，默认关闭多线程，但如果您安装了MSVC，可以轻松解决这个问题，请参见下文。

• Mac：默认关闭多线程。

要覆盖这些选项，请从源安装（见下文）。

用法

要聚类一对文件name.fet.n、name.fmask.n，运行以下命令

kk2_legacy name n

这将生成一个name.klg.n和name.clu.n文件。请注意，第一次运行时，会生成大量警告和编译器输出：忽略这些，这是正常的。

您可以为此脚本指定其他选项。以下是主要选项的解释：

• max_iterations=1000：在放弃之前执行的最大完整迭代次数。

• max_possible_clusters=1000：最后输出的最大聚类数。目前，此选项限制RAM使用，但在未来的版本中将不再有限制。

• drop_last_n_features=0：不要使用fet文件中的最后N个特征进行聚类。

• save_clu_every=None：保存临时.clu文件的频率（以分钟为单位）。

• num_starting_clusters=500：要使用的初始聚类数（可能应该比您期望找到的最终聚类数多）。

• start_from_clu=None：如果指定，则从先前保存的 .clu 文件开始聚类。

• use_mua_cluster=True：是否使用算法的“黑洞” MUA 聚类变体。这旨在提高噪声数据集上的聚类性能，但如果您在使用过程中遇到问题，可以将其关闭。注意，如果开启此选项，聚类 2 将为 MUA 聚类，而第一个“正常”聚类将变为聚类 3。