# kegg-ingest CLI

`kegg-ingest` is a command line interface for interacting with the KEGG database. This tool allows you to fetch, process, and manage data from KEGG.

## Installation

To install `kegg-ingest`, use pip:

```sh
pip install kegg-ingest

命令

get

从KEGG获取并处理数据。

用法

kegg-ingest get --db <database> [--batch-size <size>] [--use-kegg/--no-use-kegg] [--output <file>]

选项

• --db：要使用的数据库（必需）。
• --batch-size, -b：处理批大小（默认：10，最大：10）。
• --use-kegg/--no-use-kegg：使用KEGG API获取数据（默认：True）。也可以使用bioservices
• --output, -o：要写入的输出文件（tsv格式）。

示例

kegg-ingest get --db pathway --batch-size 5 --use-kegg --output output.tsv

clear-db

清除整个数据库。

用法

kegg-ingest clear-db

drop

从数据库中删除特定的表。

用法

kegg-ingest drop <table_name>

参数

• table_name：要删除的表的名称。

示例

kegg-ingest drop pathway_table

preview

显示表的正文。

用法

kegg-ingest preview <table_name> [--limit <number>]

参数

• table_name：要预览的表的名称。

选项

• --limit：要预览的行数（默认：5）。

示例

kegg-ingest preview pathway_table --limit 10

overview

打印数据库的概述。

用法

kegg-ingest overview

query

在数据库上运行查询。

用法

kegg-ingest query <query_text>

参数

• query_text：要运行的SQL查询。

示例

kegg-ingest query "SELECT * FROM pathway_table WHERE description LIKE '%metabolism%'"

许可证

本项目受MIT许可证许可。有关详细信息，请参阅LICENSE文件。

致谢

此cookiecutter项目是从monarch-project-template模板开发的，并将使用cruft保持最新。