计数器

一个用于在Python中计数DNA k-mer的简单包。用Rust编写。

安装

安装 kcounter 有两种方式

• 使用pip

pip install kcounter

• 使用conda

conda install -c conda-forge -c bioconda kcounter

使用方法

目前，kcounter 提供一个名为 count_kmers 的单一函数，该函数返回包含所选大小k-mer的字典。

>>> import kcounter
>>> kcounter.count_kmers('AAACTTTTTT', 3)
{'AAA': 1.0, 'ACT': 1.0, 'AAC': 1.0, 'CTT': 1.0, 'TTT': 4.0}
>>> kcounter.count_kmers('AAACTTTTTT', 4)
{'AACT': 1.0, 'CTTT': 1.0, 'ACTT': 1.0, 'AAAC': 1.0, 'TTTT': 3.0}

可以使用 relative_frequencies 参数来获取k-mer的相对频率

>>> kcounter.count_kmers('AAACTTTTTT', 3, relative_frequencies=True)
{'AAC': 0.125, 'TTT': 0.5, 'CTT': 0.125, 'ACT': 0.125, 'AAA': 0.125}

使用 canonical_kmers 参数将反向互补k-mer的计数聚合（例如：AGC/GCT）

>>> kcounter.count_kmers('AAACTTTTTT', 3, canonical_kmers=True)
{'ACT': 1.0, 'AAA': 5.0, 'AAC': 1.0, 'AAG': 1.0}

未来版本计划

• 性能改进。
• 添加一个参数，使得函数返回稀疏k-mer计数。
• 实现一个返回numpy数组的函数。