kappy 4.1.2

<img src=”https://rawgithub.com/Kappa-Dev/KaSim/master/man/img/KaSim-Logo.svg” alt=”KaSim logo” title=”Stochastic Kappa Simulator” align=”right” height=”90”/> # KappaTools

[](https://travis-ci.cn/Kappa-Dev/KappaTools) [](https://gitter.im/Kappa-Dev/KaSim?utm_source=badge&utm_medium=badge&utm_campaign=pr-badge&utm_content=badge)

KaSim是用于编写在Kappa中编写的基于规则的模型的随机模拟器。KaSa是Kappa模型的静态分析器。

Kappy是一个用于启动和分析Kappa模型运行及其输出的Python库。

## 用户手册请参阅[kappalanguage.org上的文档页面](https://kappalanguage.org/documentation).

Kappy[API文档在线](https://kasim.readthedocs.io/en/latest/kappy.html).

“较旧”的参考手册（以及KaSa手册）的LaTeX源文件可在man/目录中找到。要编译手册，除了合适的LaTeX发行版外，还需要[gnuplot](http://www.gnuplot.info/)和[graphviz](https://graphviz.cn/)来生成图像（确保OS的PATH中包含dot）。要生成手册的PDF，请输入

make doc

## 安装

### 核心工具

发布的版本（https://github.com/Kappa-Dev/KaSim/releases）包含MacOS、Windows和Debian衍生版（如Ubuntu）的二进制文件。[夜间构建](https://tools.kappalanguage.org/nightly-builds/）的master分支由持续集成工具为这些平台构建。

如果您需要或想要自己的构建，

• 安装[opam](https://opam.ocaml.org/doc/Install.html)（OCaml包管理器）并初始化它（通过运行opam init）

• 在源目录中，通过opam install –deps-only .安装所有依赖项。

• dune build

如果您只需要命令行工具（因此可以安装较少的依赖项），可以通过执行opam install –deps-only kappa-binaries然后执行make all来更加细致。

如果以上都没有解决问题。好吧，您基本上是独自一人了…Kappa工具依赖于OCaml本地编译器版本4.05.0或更高版本以及_dune_、_findlib_、_Lwt_（>= 2.6.0）、_Re_、_Fmt_、_Logs_和_Yojson_库。找到安装它们的方法，您只需执行make all就可以获得Kappa二进制文件…

### Kappy

您应该能够执行pip install kappy。

• 在MacOS和linux（如果您不使用我们尚未注意到其发布的最新Python版本）下，应提供包含核心二进制的_wheels_。

• 对于其他平台/Python版本，您需要通过opam包管理器自行获取kappa代理，执行opam install kappa-binaries kappa-agents（或使用外部托管的REST API）

• 为了在kappy中开发并运行所有测试，您需要遵循上面的“获取自己的构建部分”以及安装_requests_（和_future_）。

## 使用

### KaSim

为了运行一个持续100个时间单位、每0.5个时间单位打印可观察值一次的模拟，请输入

bin/KaSim kappa_file_1 … kappa_file_n -l 100 -p 0.5 -o data_file

这将生成一个包含在模拟期间产生的轨迹的200个点的数据文件。

输入

bin/KaSim –help

以获取选项的完整列表。

### Kappy

执行

`python import kappy client = kappy.KappaRest("http://url_of/the_server","project_name")`

以获取一个使用由http://url_of/the_server托管的REST API的kappa客户端，并处理项目project_name。

或者执行

`python import kappy client = kappy.KappaStd()`

以获取一个使用本地安装的kappa代理的kappa客户端。添加一个字符串参数来指定要使用的path/to/KaSimAgent。

使用示例的最小示例是

`python model = "\ %agent: A(x[x.A]) \ %var: n_0 100 \ %var: k_on 1e-2 \ 'rule' A(x[.]), A(x[.]) <-> A(x[1]), A(x[1]) @ k_on, 1 \ %plot: |A(x[.])| \ %init: n_0 A()" client.add_model_string(model) client.project_parse() sim_params = kappy.SimulationParameter(pause_condition="[T] > 100",plot_period=1) client.simulation_start(sim_params) client.wait_for_simulation_stop() results = client.simulation_plot() client.simulation_delete() # Rerun with some overwritten values for algebraic variables client.project_parse(k_on=5e-2,n_0=500) client.simulation_start(sim_params) client.wait_for_simulation_stop() results = client.simulation_plot() client.shutdown()`

## 测试

通过make check启动核心/集成测试。

如果您在输出中更改了某些内容，请使用make build-tests重新生成参考文件。

启动python测试，请先阅读“获取您的构建”部分，然后使用nosetests。