交互式API文档

jupyterlab-hdf5

在JupyterLab中打开并探索HDF5文件。可以处理非常大的（TB）尺寸的文件。在版本v0.5.0中，jlab-hdf5现在可以打开任何维度的数据集，从0到32。任何0D、1D或2D的数据集子集都可以使用numpy风格的索引语法轻松选择和显示。

在文件浏览器中双击.hdf5文件将打开一个特殊的HDF浏览器。然后您可以浏览组并在.hdf5文件中打开数据集。所有数据集将以只读方式打开。

目前，浏览器上下文菜单与.hdf5文件/组/数据集不兼容。目前只支持双击。

从头设计，尽可能高效。数据仅在需要创建可见显示时才会被检索。这使得该扩展可以与非常大的文件一起工作（测试到TB范围）。

安装

pip install jupyterlab_hdf
jupyter labextension install @jupyterlab/hdf5

这将安装服务器扩展和此插件所需的labextension。

您也可以通过Jupyterlab的扩展管理器GUI安装labextension。请注意，如果您使用lab extension GUI，您仍需要通过pip安装jupyterlab_hdf服务器扩展。

压缩过滤器

该扩展支持h5py支持的所有压缩过滤器：https://docs.h5py.org/en/stable/high/dataset.html#filter-pipeline。

要启用对blosc或bitshuffle等额外过滤器的支持，您需要安装hdf5plugin，除了扩展之外还需要安装hdf5plugin。

pip install hdf5plugin

开发

对于开发安装，请克隆存储库，然后在存储库目录中运行以下命令

pip install -e .[dev]
jlpm build:dev

要监视/重建此扩展源代码的更改，请运行

jlpm run build:watch

此扩展包含什么

此扩展有两个主要部分：一个hdf5文件浏览器插件和一个hdf5数据集文件类型插件。

HDF5 文件浏览器

允许您像在文件系统中的目录一样导航 .hdf5 文件的组。用户的系统中的任何 .hdf5 文件都可以通过在浏览器顶部的框中输入其路径（相对于Jupyterlab主目录）来打开。

关于链接解析的说明

HDF5 文件可以包含指向同一文件中实体（软链接）或不同文件中实体的链接。默认情况下，扩展不会解析此类链接。

必须显式启用链接解析，通过将配置字段 HdfConfig.resolve_links 设置为 True。为此，有两种可能性

• 在启动 JupyterLab 时设置配置字段

jupyter lab --HdfConfig.resolve_links=True

• 将以下行添加到 您的笔记本配置文件

c.HdfConfig.resolve_links = True

请注意，这将仅解析有效链接。损坏的链接（例如，指向不存在的实体的链接）仍然会显示为链接。

HDF5 数据集文件类型

当您使用hdf5文件浏览器打开数据集时，将打开一个文档，该文档通过网格显示数据集的内容。