jupyterlab-fasta

一个用于渲染Fasta数据的JupyterLab扩展。此扩展使用MSA Fasta查看器。

要求

• JupyterLab >= 3.0

安装

pip install jupyterlab-fasta

使用

要在IPython中渲染fasta输出

from IPython.display import display

def Fasta(data=''):
    bundle = {}
    bundle['application/vnd.fasta.fasta'] = data
    bundle['text/plain'] = data
    display(bundle, raw=True)

Fasta(""">SEQUENCE_1
MTEITAAMVKELRESTGAGMMDCKNALSETNGDFDKAVQLLREKGLGKAAKKADRLAAEG
LVSVKVSDDFTIAAMRPSYLSYEDLDMTFVENEYKALVAELEKENEERRRLKDPNKPEHK
IPQFASRKQLSDAILKEAEEKIKEELKAQGKPEKIWDNIIPGKMNSFIADNSQLDSKLTL
MGQFYVMDDKKTVEQVIAEKEKEFGGKIKIVEFICFEVGEGLEKKTEDFAAEVAAQL
>SEQUENCE_2
SATVSEINSETDFVAKNDQFIALTKDTTAHIQSNSLQSVEELHSSTINGVKFEEYLKSQI
ATIGENLVVRRFATLKAGANGVVNGYIHTNGRVGVVIAAACDSAEVASKSRDLLRQICMH""")

要渲染一个.fasta文件，只需打开它。

贡献

开发安装

注意：您需要NodeJS来构建扩展包。

jlpm命令是JupyterLab捆绑的yarn版本，与JupyterLab一起安装。您可以使用yarn或npm代替下面的jlpm。

# Clone the repo to your local environment
# Change directory to the jupyterlab-fasta directory
# Install package in development mode
pip install -e .
# Link your development version of the extension with JupyterLab
jupyter labextension develop . --overwrite
# Rebuild extension Typescript source after making changes
jlpm run build

您可以在不同的终端中同时监视源目录并运行JupyterLab，以监视扩展源中的更改，并自动重新构建扩展。

# Watch the source directory in one terminal, automatically rebuilding when needed
jlpm run watch
# Run JupyterLab in another terminal
jupyter lab

在监视命令运行时，每次保存的更改都将立即在本地构建并可供运行的JupyterLab使用。刷新JupyterLab以在浏览器中加载更改（您可能需要等待几秒钟以重新构建扩展）。

默认情况下，jlpm run build命令为该扩展生成源映射，以便更容易使用浏览器开发者工具进行调试。要为JupyterLab核心扩展也生成源映射，您可以运行以下命令

jupyter lab build --minimize=False

卸载

pip uninstall jupyterlab-fasta