jupyter-neuroglancer

简单的Jupyter（和jupyter-server-proxy）与neuroglancer的集成。

在JupyterLab（通过jupyterlab-sidecar）中弹出neuroglancer查看器，以便您更轻松地查看由您的Python代码驱动的实时可视化。

当在远程JupyterHub上运行时，查看器将自动（并安全地）通过jupyter-server-proxy代理，因此用户在本地计算机和JupyterHub上都能获得相同的体验。

安装

jupyter-neuroglancer可在PyPI上使用。

pip install jupyter-neuroglancer

用法

jupyter_neuroglancer提供了一个display_in_sidecar函数，该函数接受一个常规的neuroglancer Viewer对象。您无需以任何方式修改您的neuroglancer代码！

import neuroglancer
from jupyter_neuroglancer import SidecarViewer

# Create a neuroglancer Viewer instance. This controls the visualization
viewer = neuroglancer.Viewer()

# Display the neuroglancer in JupyterLab as a sidecar
display_in_sidecar(viewer)

在JupyterHub上使用

当在JupyterHub上使用此功能时，您需要在您使用的映像中安装jupyter-server-proxy。由于neuroglancer使用eventstreams进行通信，因此您需要它是一个包含此PR的jupyter-server-proxy版本。在此PR合并并发布之前，您可以使用以下命令安装：

pip install --upgrade git+https://github.com/ganisback/jupyter-server-proxy@support-stream

除此之外，您无需以任何方式修改代码。