JSmol bokeh扩展

此扩展允许您使用JSmol在bokeh中可视化原子结构。

功能

• 同时支持bokeh和bokeh服务器
• 见example.html。结构显示在独立的html中，按钮将在bokeh服务器中启动工作

先决条件

• python 2.7或更高版本
• NodeJS 6.10或更高版本（有关说明，请参阅bokeh开发者文档）

注意：截至2019年6月，需要NodeJS编译.ts / .coffee文件。一旦bokeh提供了有关如何捆绑编译后的javascript的指南，可能取消NodeJS依赖。

安装

版本控制

• jsmol-bokeh-extension 0.1.x与bokeh < 1.1兼容（使用CoffeScript编写）
• jsmol-bokeh-extension 0.2及以上版本与bokeh >= 1.1兼容（使用TypeScript编写）

pip install jsmol-bokeh-extension

使用方法

以下是一个完整的example.py，演示如何使用jsmol bokeh扩展

rom bokeh.models import ColumnDataSource
from bokeh.io import show, curdoc
from bokeh.models.widgets import Button, TextInput
from bokeh.layouts import layout, widgetbox

from jsmol_bokeh_extension import JSMol

script_source = ColumnDataSource()

info = dict(
    height="100%",
    width="100%",
    serverURL="https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jsmol/php/jsmol.php",
    use="HTML5",
    j2sPath="https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jsmol/j2s",
    script=
    "background black;load https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jsmol-2013-09-18/data/caffeine.mol",
)

applet = JSMol(
    width=600,
    height=600,
    script_source=script_source,
    info=info,
)

button = Button(label='Execute')
inp_script = TextInput(value='background white;')


def run_script():
    script_source.data['script'] = [inp_script.value]


button.on_click(run_script)

ly = layout([applet, widgetbox(button, inp_script)])

show(ly)
curdoc().add_root(ly)

注意：此示例可以使用bokeh和bokeh服务器运行

# run locally (displays structure but button won't work)
python example.py

# run using bokeh server (displays structure and button should work)
bokeh serve example.py --show

链接

• 此bokeh扩展基于surface3d示例和扩展小部件
• 另请参阅JSmol信息字典