jaeger-lab-to-nwb

将Jaeger实验室数据转换为NWB格式。

目前包括

• FRET光学成像（rsd）
• Intan电生理学（rhd）
• Labview行为数据（txt）
• 光遗传学刺激数据（txt）
• 跑步机行为（csv）
• Bpod行为数据（mat）

作者：Luiz Tauffer 和 Ben Dichter

安装

创建单独的环境

$ conda create -n env_jaeger python=3.7 pip

激活环境并安装依赖项

$ conda activate env_jaeger
$ pip install jaeger-lab-to-nwb

使用

1. 从Python脚本导入和运行
每个实验的示例可以在这里找到 这里

2. 图形用户界面
要使用GUI，首先安装 nwb-web-gui

$ pip install nwb-web-gui

GUI可以从终端运行

$ nwbgui-jaeger [experiment_name]

当前实验名称选项为： fret、labview、treadmill 和 bpod。NWB Web GUI应该在您的浏览器中打开。如果它没有自动打开（并且在您的终端中没有打印错误消息），只需打开您的浏览器并导航到 localhost:5000。

GUI简化了对结果nwb文件元数据的编辑任务，它与转换模块（单击转换）集成，并允许使用 nwb-jupyter-widgets 快速可视化探索最终文件中的数据。