ITKIOOMEZarrNGFF

概述

这是一个用于存储在基于Zarr的OME-NGFF文件格式中的图像的ITK外部模块的IO。

安装

Python包索引中提供了itk-ioomezarrngff。

> python -m pip install itk-ioomezarrngff

示例用法

C++

从C++使用不需要任何特殊操作。在特殊情况下，您可能需要调用

itk::OMEZarrNGFFImageIOFactory::RegisterOneFactory();

Python

在Python中，我们需要显式指定IO，否则由于目录是内置默认值，将调用DICOM IO。示例

import sys
import itk
imageio = itk.OMEZarrNGFFImageIO.New()
image = itk.imread(sys.argv[1], imageio=imageio)
itk.imwrite(image, sys.argv[2], imageio=imageio, compression=False)

构建说明

ITKIOOMEZarrNGFF是ITK的C++外部模块。它可以使用CMake和Ninja、gcc或MSVC等构建工具进行构建。

在未来，ITKIOOMEZarrNGFF可能作为ITK远程模块提供，可以直接包含在ITK构建过程中。

先决条件

• CMake
• Perl
• NASM
• 现有的ITK C++构建

构建

ITKIOOMEZarrNGFF使用CMake进行构建过程。

# Create the build directory
> mkdir path/to/ITKIOOMEZarrNGFF-build
> cd path/to/ITKIOOMEZarrNGFF-build

# Configure the project
path/to/ITKIOOMEZarrNGFF-build > cmake -DITK_DIR:PATH="path/to/ITK-build" "path/to/ITKIOOMEZarrNGFF"

# Build the project
path/to/ITKIOOMEZarrNGFF-build > cmake --build . --config "Release"

测试

可以使用CTest运行ITKIOOMEZarrNGFF测试。

path/to/ITKIOOMEZarrNGFF-build > ctest -C "Release"

包装

有关为Python包装ITK外部模块的信息，请参阅ITK软件指南。

附加说明

ITKIOOMEZarrNGFF依赖于Google的Tensorstore库的分支，用于Zarr互操作。InsightSoftwareConsortium/Tensorstore分支实现了对zip的支持，包括文件系统和内存中的zip读写。

致谢

ITKIOOMEZarrNGFF部分得益于以下组织的支持

• NIH NIMH BRAIN Initiative，项目编号1RF1MH126732。
• Allen Institute for Neural Dynamics (AIND)。