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  • 作者： Tom Birdsong
  • 标签 itk, elastix, registration
  • 要求： Python >=3.8
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项目描述

ITKElastix

WebAssembly image PyPI Version binder voila License Versioned software citation

概述

提供了一个ITK Python、JavaScript和WebAssembly接口到elastix，这是一个用于图像刚性及非刚性配准的工具箱。

elastix 是一款开源软件，基于知名的 Insight Toolkit (ITK)。该软件包含一套常用算法，用于解决（医学）图像配准问题。elastix 的模块化设计使用户能够快速配置、测试和比较特定应用的不同的配准方法。

👨‍💻 实时 JavaScript API 演示 ✨

安装

使用 pip 安装跨平台的本地二进制 Python 软件包

pip install itk-elastix

实验性 WebAssembly Python 软件包可以在各个平台上安装

pip install itkwasm-elastix

注意 WebAssembly 和本地二进制软件包的 API 略有不同。对于 WebAssembly 接口，请参阅 软件包的 Sphinx 文档。对于本地二进制软件包的接口，请参阅此存储库中的 examples/ 目录。

可以使用以下方式安装 JavaScript / TypeScript 软件包

npm install @itk-wasm/elastix

用法

使用原生 Python 二进制软件包将两张图像进行配准，传统上称为固定图像和移动图像

import itk

fixed_image = itk.imread('path/to/fixed_image.mha')
moving_image = itk.imread('path/to/moving_image.mha')

registered_image, params = itk.elastix_registration_method(fixed_image, moving_image)

交互式示例和教程材料可在 examples 目录中找到。在 MyBinder 上的免费云计算容器中运行示例 （MyBinder） 或克隆存储库并在 Jupyter Notebook 或 Jupyter Lab 中本地运行笔记本。在 Paperspace Gradient 上尝试 实验性 GPU 软件包 （Paperspace Gradient）。

ITKElastix 可以与 过程式 和 面向对象方法 一起使用，如示例笔记本所示。过程式方法更短，更简洁，但当前的功能性略低于面向对象方法，然而执行时间和输出除了由于 Elastix 算法的随机性质可能存在差异外，没有差异。

要找到适合特定数据集的参数，请参阅 elastix 模型动物园。

有关桌面应用程序中的图形用户界面，请参阅 napari 插件。

有关 WebAssembly JavaScript 绑定和 WebAssembly Python 绑定 的更多文档可用。

致谢

ITKElastix 部分是在以下机构的支持下开发的

elastix 的主要开发者是 Stefan Klein 和 Marius Staring。

此软件最初是在 Josien P.W. Pluim 的监督下在 Image Sciences Institute 开发的。如今，许多人 为 elastix 做出了贡献。

如果您在任何地方使用此软件，我们将非常感激您引用以下文章

  • K. Ntatsis, N. Dekker, V. Valk, T. Birdsong, D. Zukić, S. Klein, M Staring, M McCormick, "itk-elastix: Python 中的医学图像配准"，第 22 届 Python 在科学会议论文集，第 101-105 页，2023 年，https://doi.org/10.25080/gerudo-f2bc6f59-00d。

  • 沙蒙宁D.P.、布朗E.E.、利利维尔特B.P.F.、斯密特M.、克莱因S.和斯塔林M.，“基于CPU和GPU的快速并行图像配准用于阿尔茨海默病诊断分类”，《神经信息学前沿》，第7卷，第50期，第1-15页，2014年1月。

此ITK模块基于由SimpleElastix创建的Kasper Marstal。更多信息，请参阅

  • 卡斯珀·马尔斯塔、弗洛里斯·贝伦登、马里乌斯·斯塔林和斯蒂法·克莱因，“SimpleElastix：一个用户友好的、多语言医学图像配准库”，国际生物医学图像配准研讨会（WBIR），内华达州拉斯维加斯，美国，2016年

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