元数据跟踪工具有助于管理日益多样化的生命科学、环境和生物医学实验
项目描述
开源ISA元数据跟踪工具帮助管理越来越多样化的生命科学、环境和生物医药实验,这些实验采用一种或多种技术。
ISA工具基于“调查”(项目上下文)、“研究”(研究单位)和“检测”(分析测量)通用表格格式构建,帮助您提供实验元数据(即样本特性、技术和测量类型、样本与数据关系)的丰富描述,从而使结果数据和发现可重复和可重用。
欲了解更多关于ISA的信息,请参阅https://isa-tools.org/
要了解谁在使用ISA以及关于ISA的开发者和用户社区,请参阅www.isacommons.org
ISA API旨在为开发者提供一套工具,帮助您轻松快速地构建自己的ISA对象、验证以及在不同序列化格式(如SRA模式)之间的ISA格式数据集和其他格式/模式之间进行转换。ISA API作为isatools
软件包发布在PyPI上。
isatools
目前支持Python 3.6及以上版本。
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阅读我们的开放获取出版物 "SA API:一个用于互操作生命科学实验元数据的开源平台",发表于GigaScience,作为技术简报
David Johnson,Dominique Batista,Keeva Cochrane,Robert P. Davey,Anthony Etuk,Aleajandra Gonzalez-Beltran,Kenneth Haug,Massimiliano Izzo,Martin Larralde,Thomas N. Lawson,Alice Minotto,Pablo Moreno,Venkata Chandrasekhar Nainala,Claire O'Donovan,Luca Pireddu,Pierrick Roger,Felix Shaw,Christoph Steinbeck,Ralf J. M. Weber,Susanna-Assunta Sansone,Philippe Rocca-Serra. ISA API:一个用于互操作生命科学实验元数据的开源平台。2020.11.13.382119; doi: 10.1093/gigascience/giab060
作者:ISA团队.
许可协议:本代码根据CPAL许可协议授权。
仓库:https://github.com/ISA-tools/isa-api
ISA团队邮箱:isatools@googlegroups.com
ISA讨论组:https://groups.google.com/forum/#!forum/isaforum
Github问题跟踪器:https://github.com/ISA-tools/isa-api/issues
使用ISA-API
有关安装和使用ISA-API(v0.12及以上版本)的文档,请参阅此处。
对于先前版本(v0.11及以下),请参阅此处的文档。
贡献
ISA-API仍在开发中。我们非常乐意接收任何帮助和贡献(测试、功能请求、拉取请求)。请随时通过isatools@googlegroups.com联系我们的开发团队,或在https://github.com/ISA-tools/isa-api/issues的Github问题跟踪器中提问、报告错误或提交功能请求。
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