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元数据跟踪工具有助于管理日益多样化的生命科学、环境和生物医学实验

项目描述

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开源ISA元数据跟踪工具帮助管理越来越多样化的生命科学、环境和生物医药实验,这些实验采用一种或多种技术。

ISA工具基于“调查”(项目上下文)、“研究”(研究单位)和“检测”(分析测量)通用表格格式构建,帮助您提供实验元数据(即样本特性、技术和测量类型、样本与数据关系)的丰富描述,从而使结果数据和发现可重复和可重用。

欲了解更多关于ISA的信息,请参阅https://isa-tools.org/

要了解谁在使用ISA以及关于ISA的开发者和用户社区,请参阅www.isacommons.org

ISA API旨在为开发者提供一套工具,帮助您轻松快速地构建自己的ISA对象、验证以及在不同序列化格式(如SRA模式)之间的ISA格式数据集和其他格式/模式之间进行转换。ISA API作为isatools软件包发布在PyPI上。

isatools目前支持Python 3.6及以上版本。


阅读出版物...

阅读我们的开放获取出版物 "SA API:一个用于互操作生命科学实验元数据的开源平台",发表于GigaScience,作为技术简报

David Johnson,Dominique Batista,Keeva Cochrane,Robert P. Davey,Anthony Etuk,Aleajandra Gonzalez-Beltran,Kenneth Haug,Massimiliano Izzo,Martin Larralde,Thomas N. Lawson,Alice Minotto,Pablo Moreno,Venkata Chandrasekhar Nainala,Claire O'Donovan,Luca Pireddu,Pierrick Roger,Felix Shaw,Christoph Steinbeck,Ralf J. M. Weber,Susanna-Assunta Sansone,Philippe Rocca-Serra. ISA API:一个用于互操作生命科学实验元数据的开源平台。2020.11.13.382119; doi: 10.1093/gigascience/giab060



作者ISA团队.

许可协议:本代码根据CPAL许可协议授权。

仓库https://github.com/ISA-tools/isa-api

ISA团队邮箱isatools@googlegroups.com

ISA讨论组https://groups.google.com/forum/#!forum/isaforum

Github问题跟踪器https://github.com/ISA-tools/isa-api/issues


使用ISA-API

有关安装和使用ISA-API(v0.12及以上版本)的文档,请参阅此处

对于先前版本(v0.11及以下),请参阅此处的文档。

贡献

ISA-API仍在开发中。我们非常乐意接收任何帮助和贡献(测试、功能请求、拉取请求)。请随时通过isatools@googlegroups.com联系我们的开发团队,或在https://github.com/ISA-tools/isa-api/issues的Github问题跟踪器中提问、报告错误或提交功能请求。

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源分布

isatools-0.14.2.tar.gz (2.4 MB 查看散列值)

上传时间:

构建分布

isatools-0.14.2-py3-none-any.whl (2.7 MB 查看散列值)

上传时间: Python 3

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