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元数据跟踪工具帮助管理日益多样化的生命科学、环境和生物医学实验

项目描述

此仓库最初从https://github.com/ISA-tools/isa-api/tree/py2_isatools-lite分支fork而来。



开源ISA元数据跟踪工具有助于管理日益多样化的使用一种或多种技术的生命科学、环境和生物医学实验。

ISA工具围绕通用表格格式“调查”(项目上下文)、“研究”(研究单位)和“分析测量”(分析测量)构建,有助于您提供丰富的实验元数据描述(即样本特征、技术和测量类型、样本与数据关系),从而使生成的数据和发现可重复和可重用。

有关ISA的更多信息,请参阅www.isa-tools.org

有关使用ISA的人以及ISA开发和用户社区的信息,请参阅www.isacommons.org

ISA API 的目标是为您,开发者,提供一套工具,帮助您轻松快速地构建自己的 ISA 对象,验证,以及在不同格式(例如 SRA 架构)之间转换 ISA 格式的数据集序列化。ISA API 以 isatools 包的形式发布在 PyPI 上。

本项目是 isa-rwval 包,它提供了 ISA API 所依赖的 ISA 格式读写/验证功能。

该项目包含以下模块

  • isatools.model 包含实现 ISA 抽象模型的 Python 类。
  • isatools.isatab 包含解析和序列化 ISA-Tab 格式到/从 Python 对象的功能。该模块还包含一个 ISA-Tab 验证器。
  • isatools.isajson 包含解析和序列化 ISA-JSON 格式到/从 Python 对象的功能。该模块还包含一个 ISA-JSON 验证器。
  • isatools.isaviz 包含使用 matplotlib 渲染 ISA Python 对象的功能。

这些模块应被视为使用 Python 编程语言使用 ISA 格式的黄金标准工具。

Build Status Coverage Status Documentation Status License


作者代码贡献者

许可证: 本代码受 CPAL 许可证 许可。

仓库https://github.com/ISA-tools/isa-rwval

ISA 团队电子邮件isatools@googlegroups.com

ISA 讨论组https://groups.google.com/forum/#!forum/isaforum

Github 问题跟踪器https://github.com/ISA-tools/isa-api/issues

项目详情


下载文件

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源分布

isa-rwval-0.10.10.tar.gz (39.8 kB 查看哈希值)

上传时间

构建分布

isa_rwval-0.10.10-py2.py3-none-any.whl (50.4 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 2 Python 3

支持者

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