irods_fsspec

允许您使用irods:// URL从iRODS服务器打开文件。

使用方法

隐式身份验证

如果您已经安装了iRODS iCommands，请使用iinit登录以存储您的用户名和密码。后续使用irods_fsspec将自动使用这些凭据。（您也可以在shell中设置$IRODS_ENVIRONMENT_FILE，使其指向irods_environment.json。）

import fsspec
import irods_fsspec
irods_fsspec.register() # register irods:// handler

# Write to iRODS path
f1 = fsspec.open('irods://data.cyverse.org/iplant/home/myuser/test.txt', 'wb')
with f1 as fh:
    fh.write(b'test\n')

# Read from iRODS path
f2 = fsspec.open('irods://data.cyverse.org/iplant/home/myuser/test.txt', 'rb')
with f2 as fh:
    assert fh.read() == b'test\n'

显式身份验证

用户、区域、密码和端口都可以包含在URL中，从而绕过对iinit / iCommands的需求

f3 = fsspec.open('irods://myuser+iplant:mypass@data.cyverse.org:1247/iplant/home/myuser/test.txt', 'rb')
with f3 as fh:
    assert fh.read() == b'test\n'

格式如下所示

irods://<username>+<zone>:<password>@<hostname>[:<port>]/<path to data object>

注意+用于分隔用户名和区域名称。如果省略了:<port>，irods_fsspec将使用默认端口，但所有其他组件都是必需的。

文件系统API使用

要使用IRODSFileSystem API，可以自行导入或使用fsspec

irodsfs = fsspec.filesystem('irods', user='myuser', zone='iplant', password='mypass', host='data.cyverse.org', port=1247)
irodsfs.mkdir('/iplant/home/myuser/_irods_fsspec_test/')
irodsfs.mv('/iplant/home/myuser/test.txt', '/iplant/home/myuser/_irods_fsspec_test/test2.txt')

f4 = irodsfs.open('/iplant/home/myuser/_irods_fsspec_test/test2.txt', 'rb')
with f4 as fh:
    assert fh.read() == b'test\n'