ipymol 0.5

开始之前

请确保 PyMOL 已添加到您的 $PATH 中，作为 pymol，或者您可以在服务器模式下启动 PyMOL。

$ pymol -R #-cKRQ to run it without a GUI

安装

pip install ipymol

示例用法

您可以启动一个 IPython 或 IPython Notebook 会话并开始使用 IPyMOL。例如

from ipymol import viewer as pymol
pymol.start()   # Start PyMOL RPC server
pymol.fetch('3odu') # Fetch PDB
pymol.show_as('cartoon') # Show as cartoon
pymol.bg_color('white') # Set background color to white
pymol.display() # Show current display

这一系列命令将定义一个 pymol 类型的变量，它可以传递命令到 PyMOL，并在您的 IPython 会话中创建 PDBID:3odu 的图像。可以通过 pymol.do("[ENTER YOUR COMMAND HERE]") 调用其他命令。

这是一个 示例笔记本，其中包含更多信息。

祝您使用愉快！