Infercnv是一个可扩展的Python库，用于从单细胞转录组数据推断拷贝数变异（CNV）事件。它深受InferCNV的启发，但与scanpy配合得很好，并且可扩展性更强。
项目描述
infercnvpy: 用于从单细胞转录组数据推断拷贝数变异（CNV）的Scanpy插件
Infercnv是一个可扩展的Python库，用于从单细胞转录组数据推断拷贝数变异（CNV）事件。它深受InferCNV的启发，但与scanpy配合得很好，并且可扩展性更强。
警告:
此包仍处于实验阶段。结果尚未经过验证，除了它们看起来与InferCNV的结果相似，但并不相同。
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入门指南
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安装
您需要在您的系统上安装Python 3.10或更高版本。如果您没有安装Python，我们建议安装Mambaforge。
安装infercnvpy有几种替代方案
- 从
PyPI <https://pypi.ac.cn/project/infercnvpy/>安装infercnvpy的最新版本
pip install infercnvpy
- 安装最新开发版本
pip install git+https://github.com/icbi-lab/infercnvpy.git@main
要（可选）运行copyKAT算法，您需要一个可用的R安装程序和已安装的copykat包。通常，如果R已添加到您的PATH中，rpy2会自动检测您的R安装。如果在导入infercnvpy时收到错误信息，请在导入infercnvpy之前尝试设置R_HOME环境变量。
import os
os.environ["R_HOME"] = "/usr/lib/R"
import infercnvpy
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引用
n/a
下载文件
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源分发
infercnvpy-0.5.0.tar.gz (8.5 MB 查看哈希值)
构建分发
infercnvpy-0.5.0-py3-none-any.whl (3.8 MB 查看哈希值)
关闭
infercnvpy-0.5.0.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 15c492a4f22db0ccb1055b4b0af1fadd0aa93ca73ac377853ad6bf5c4eb4982d |
|
| MD5 | 288ed35678d8d709aeb6d192f7e6304d |
|
| BLAKE2b-256 | 34ee4a3652d7a329115e355efd3b347e5213c3db3cb30bc46d52a6f0fe07a76c |
关闭
infercnvpy-0.5.0-py3-none-any.whl的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 0677a0777a6a0bd45168cc5c848d4c2f42037e7a015f93d022df4aafde69f77c |
|
| MD5 | 4f5b94a41fd7c53e326db5f16af2dca3 |
|
| BLAKE2b-256 | f2f37bcf346e9321a499c3791f73238dde34f26b2c1dccfdf1bb7c43c0c46603 |
