imglyb

imglyb旨在连接两个长期分离的世界

• Python 与 numpy
• Java 与 ImgLib2

imglyb使用jpype访问numpy数组，并通过imglib2-imglyb将它们暴露给ImgLib2。这意味着numpy和ImgLib2之间的共享内存，即任何ImgLib2算法都可以在numpy数组上运行，而无需创建数据的副本！例如，Python用户现在可以利用BigDataViewer 扩展来可视化密集体积数据。

如果您对使用imglyb感兴趣，请查看examples文件夹并根据需要扩展示例！

注意： NEP 18有可能改进numpy - imglib互操作性，尤其是在将imglib2数据结构转换为numpy时。

安装

先决条件

imglyb已在Linux、macOS和Windows上进行了测试。

以下工具是必需的

• Python 3
• Java 8或11 JDK（JRE不足以使用）
• Apache Maven

如果您使用conda，这些工具将为您安装。

使用conda安装

conda install -c conda-forge imglyb

使用pip安装

首先，安装上述先决条件。然后运行

pip install imglyb

建议在虚拟环境或conda环境中运行此操作，而不是全局范围内。

从源码安装

首先，安装上述先决条件。然后运行

git clone https://github.com/imglib/imglyb
cd imglyb
pip install -e .

建议在虚拟环境或conda环境中运行此操作，而不是全局范围内。

使用方法

建议根据您的需求遵循并扩展examples文件夹中的示例。

或者，为了更高级地使用imglyb，请查看pyimagej。

已知问题

macOS上的AWT

AWT和Cocoa并不完美地兼容。一般来说，需要在JVM加载之前启动Cocoa事件循环。（感谢@tpietzsch找出这个！）这需要一些macOS特定的代码，使用PyObjC编写，以正确启动和关闭Cocoa应用程序，并在其中启动Java/Python代码。

imglyb库中包含的OSXAWTwrapper.py脚本提供了Cocoa代码的示例，并可用于运行imglyb示例。此包装器需要两个来自PyObjC的包（pyobjc-core和pyobjc-framework-cocoa），并且它们应与macOS上的imglyb一起安装。

运行包装器时，可以提供目标模块的名称（类似于使用python -m），或者提供目标脚本的完整路径。因此，使用模块名称，运行位于imglyb-examples中的“butterfly”脚本的命令如下所示

python imglyb/OSXAWTwrapper.py imglyb-examples.butterfly

目前通过python -m运行OSXAWTwrapper.py不起作用。